Computational study on lectin-carbohydrate complexes

Dizertační práce je zaměřena na studium interakcí mezi lektiny a cukry. Práce se detailněji zaměřila na lektin II (PAII-L) z bakterie Pseudomonas aeruginosa. Tato baktérie je vysoce toxická a je o ní známo, že se kolonizuje v biofilmech, na jejichž tvorbě se lektin podílí. Pro pochopení vazebné afin...

Celý popis

Uloženo v:
Podrobná bibliografie
Hlavní autor: Mishra, Navnit Kumar (Autor práce)
Další autoři: Koča, Jaroslav, 1955-2021 (Vedoucí práce)
Typ dokumentu: VŠ práce nebo rukopis
Jazyk:Angličtina
Vydáno: 2009.
Témata:
lektiny
molekulární dynamika
sacharidy
carbohydrates
molecular dynamics
disertace
On-line přístup:http://is.muni.cz/th/183258/prif_d/
Obálka
LEADER 07318ctm a22013097a 4500
001 MUB01000604711
003 CZ BrMU
005 20100111081050.0
008 091110s2009 xr ||||| |||||||||||eng d
STA |a POSLANO DO SKCR  |b 2019-04-17 
035 |a (ISMU-VSKP)104643 
040 |a BOD114  |b cze  |d BOD035 
072 7 |a 577  |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika  |2 Konspekt  |9 2 
080 |a 577.114  |2 MRF 
080 |a 544.112:531.3  |2 MRF 
080 |a 577  |2 MRF 
100 1 |a Mishra, Navnit Kumar  |% UČO 183258  |* [absolvent PřírF MU]  |4 dis 
245 1 0 |a Computational study on lectin-carbohydrate complexes  |h [rukopis] /  |c Navnit Kumar Mishra. 
260 |c 2009. 
300 |a 127 s. 
500 |a Vedoucí práce: Jaroslav Koča. 
502 |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2009. 
520 2 |a Dizertační práce je zaměřena na studium interakcí mezi lektiny a cukry. Práce se detailněji zaměřila na lektin II (PAII-L) z bakterie Pseudomonas aeruginosa. Tato baktérie je vysoce toxická a je o ní známo, že se kolonizuje v biofilmech, na jejichž tvorbě se lektin podílí. Pro pochopení vazebné afinity fukosy, mannosy, galaktosy, glukosy, arabinosy a jejich methylovaných derivátů k PAII-L bylo provedeno několik molekulárně dynamických simulací. Strukturní a statistické analýzy vazebného místa z uskutečněných simulací pak byly konfrontovány s experimentálně naměřenými vazebnými energiemi. Analýza solventu potvrdila chemicky strukturovanou síť molekul vody ve vazebném místě lektinu bez navázaného sacharidu. Síť je tvořena čtyřmi molekulami vody. Tři z nich pak zaujímají stejnou pozici jako kyslíkové atomy O2, O3, a O4 navázané fukosy. Toto pozorování potvrzuje, že fukosylované oligosacharidy vykazují vysokou specifitu vůči PAII-L lektinu.  |% cze 
520 2 9 |a The dissertation thesis presented here is focused on study of lectin-carbohydrate interactions. The study has been carried out on Pseudomonas aeruginosa lectin-II (PA-IIL). This bacterium is highly toxic and it is know that the lectin participates in the toxicity by formation of biofilms. Molecular simulations have been performed to observe the consequences of PA-IIL lectin affinity towards fucose, mannose, galactose, glucose, arabinose and some of their methylated derivatives. Structural and statistical analysis of the binding site during simulations has been performed and correlated with measured binding energies. Solvent analysis has revealed a chemically structured water network in the free lectin binding site. The network is composed of four water molecules. Three of them exactly fit to the O2, O3, and O4 oxygen atoms of fucose in the complexed form. This observation has revealed that lectin binds to the fucosylated oligosaccharide with high specificity.  |9 eng 
650 0 7 |a lektiny  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a molekulární dynamika  |7 ph202577  |2 czenas 
650 0 7 |a sacharidy  |7 ph125399  |2 czenas 
650 0 9 |a carbohydrates  |2 eczenas 
650 0 9 |a molecular dynamics  |2 eczenas 
655 7 |a disertace  |7 fd132024  |2 czenas 
658 |a Biochemie (čtyřleté)  |b Biomolekulární chemie  |c PřF D-BCH4 BIOM (BIOM)  |2 CZ-BrMU 
700 1 |a Koča, Jaroslav,  |d 1955-2021  |7 jn20000710314  |% UČO 610  |4 ths 
710 2 |a Masarykova univerzita.  |b Národní centrum pro výzkum biomolekul  |7 kn20100614011  |4 dgg 
856 4 1 |u http://is.muni.cz/th/183258/prif_d/ 
CAT |c 20091110  |l MUB01  |h 2229 
CAT |c 20091203  |l MUB01  |h 0241 
CAT |c 20091203  |l MUB01  |h 1923 
CAT |a VASICEK  |b 02  |c 20100111  |l MUB01  |h 0810 
CAT |c 20100428  |l MUB01  |h 1014 
CAT |a BATCH-UPD  |b 00  |c 20100501  |l MUB01  |h 1224 
CAT |a BATCH-UPD  |b 00  |c 20100929  |l MUB01  |h 0336 
CAT |c 20110627  |l MUB01  |h 1917 
CAT |c 20110627  |l MUB01  |h 2326 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20110816  |l MUB01  |h 1652 
CAT |a batch  |b 00  |c 20120324  |l MUB01  |h 0132 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20120410  |l MUB01  |h 1335 
CAT |c 20120610  |l MUB01  |h 1956 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20121004  |l MUB01  |h 1252 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20130304  |l MUB01  |h 1002 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20130402  |l MUB01  |h 2300 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20130402  |l MUB01  |h 2300 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140108  |l MUB01  |h 1135 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20140120  |l MUB01  |h 1355 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140417  |l MUB01  |h 1230 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1332 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1349 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20141104  |l MUB01  |h 1319 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20150107  |l MUB01  |h 1126 
CAT |c 20150901  |l MUB01  |h 1444 
CAT |c 20150921  |l MUB01  |h 1405 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20151203  |l MUB01  |h 1045 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20151226  |l MUB01  |h 0040 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20171219  |l MUB01  |h 1211 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20180828  |l MUB01  |h 0911 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20181106  |l MUB01  |h 0731 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190105  |l MUB01  |h 1433 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190228  |l MUB01  |h 1419 
CAT |c 20190417  |l MUB01  |h 0933 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190605  |l MUB01  |h 1342 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190620  |l MUB01  |h 0746 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 0848 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1210 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1218 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1133 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1137 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200323  |l MUB01  |h 1958 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1125 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1126 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201112  |l MUB01  |h 0514 
CAT |a VACOVAX  |b 02  |c 20201211  |l MUB01  |h 1114 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210217  |l MUB01  |h 2156 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1147 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 0942 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1932 
CAT |a BATCH-UPD  |b 00  |c 20210703  |l MUB01  |h 2351 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20210724  |l MUB01  |h 1151 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210819  |l MUB01  |h 1812 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220324  |l MUB01  |h 2121 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220811  |l MUB01  |h 2150 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220929  |l MUB01  |h 2118 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221004  |l MUB01  |h 0159 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221220  |l MUB01  |h 0136 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230228  |l MUB01  |h 0105 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2352 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2354 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2355 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230730  |l MUB01  |h 2154 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230910  |l MUB01  |h 2311 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231013  |l MUB01  |h 0910 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231110  |l MUB01  |h 0959 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231212  |l MUB01  |h 0014 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240313  |l MUB01  |h 0025 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240415  |l MUB01  |h 0035 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240519  |l MUB01  |h 0019 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240613  |l MUB01  |h 2039 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240701  |l MUB01  |h 2141 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240729  |l MUB01  |h 2337 
LOW |a POSLANO DO SKCR  |b 2019-04-17 
994 - 1 |l MUB01  |l MUB01  |m VYSPR  |1 KUK  |a Knihovna univ. kampusu  |2 SKLAD  |b KUK - sklad  |3 PřF-2009-K-7443  |5 3285002637  |8 20100111  |f 71  |f Prezenční SKLAD  |r 20100111  |s převod 
AVA |a MED50  |b KUK  |c KUK - sklad  |d PřF-2009-K-7443  |e available  |t K dispozici  |f 1  |g 0  |h N  |i 0  |j SKLAD 

Podobné jednotky