Computational study on lectin-carbohydrate complexes - Mishra, Navnit Kumar (2009)
Dizertační práce je zaměřena na studium interakcí mezi lektiny a cukry. Práce se detailněji zaměřila na lektin II (PAII-L) z bakterie Pseudomonas aeruginosa. Tato baktérie je vysoce toxická a je o ní známo, že se kolonizuje v biofilmech, na jejichž tvorbě se lektin podílí. Pro pochopení vazebné afinity fukosy, mannosy, galaktosy, glukosy, arabinosy a jejich methylovaných derivátů k PAII-L bylo provedeno několik molekulárně dynamických simulací. Strukturní a statistické analýzy vazebného místa z uskutečněných simulací pak byly konfrontovány s experimentálně naměřenými vazebnými energiemi. Analýza solventu potvrdila chemicky strukturovanou síť molekul vody ve vazebném místě lektinu bez navázaného sacharidu. Síť je tvořena čtyřmi molekulami vody. Tři z nich pak zaujímají stejnou pozici jako kyslíkové atomy O2, O3, a O4 navázané fukosy. Toto pozorování potvrzuje, že fukosylované oligosacharidy vykazují vysokou specifitu vůči PAII-L lektinu.