Studium funkce transkripčních regulátorů FnrP, NNR a NarR u bakterie Paracoccus denitrificans
Za využití 2-DE experimentu byl studován účinek regulačních proteinů typu FNR (FnrP, NNR a NarR) bakterie P. denitrificans na globální proteomové úrovni. Proteomová analýza potvrdila řadu známých mechanismů, které byly validovány jednak vyhledáním FNR-boxů (rekogniční DNA sekvence FNR regulačních pr...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2009.
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/151105/prif_m/ |
| Shrnutí: | Za využití 2-DE experimentu byl studován účinek regulačních proteinů typu FNR (FnrP, NNR a NarR) bakterie P. denitrificans na globální proteomové úrovni. Proteomová analýza potvrdila řadu známých mechanismů, které byly validovány jednak vyhledáním FNR-boxů (rekogniční DNA sekvence FNR regulačních proteinů), jednak metodou kvantitativní real-time PCR. To potvrzuje, že řádně designovaný a provedený proteomický experiment je schopen takovéto regulace odhalit. Statistickou analýzou 2-DE gelů byly nalezeny proteiny, jejichž exprese se mění v závislosti na růstových podmínkách (aerobní, semiaerobní a semiaerobní s dusičnanem) nebo v závislosti na přítomnosti mutace v genu pro regulační protein. Ne u všech takto zjištěných proteinů je ale jasná jejich biologická funkce. A role of FNR-type regulation proteins (FnrP, NNR and NarR) in the bacterium Paracoccus denitrificans was studied on the global proteomic level using 2-DE experiment. Proteomic analysis confirmed several known mechanisms that were validated by both searching of FNR-boxes (DNA recognition sequence motif of FNR-type regulators) and quantitative real-time PCR method. It certifies that a properly designed and realized proteomic experiment is able to reveal such regulations. There were proteins found by the statistical analysis of 2-DE gels whose expression is altered depending on either growth conditions (aerobic, semiaerobic and semiaerobic with nitrate) or a mutation of the gene of the regulation protein. However the biological role of some of these proteins remains unclear. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Pavel Bouchal. |
| Fyzický popis: | 67 l. |