Studium funkce transkripčních regulátorů FnrP, NNR a NarR u bakterie Paracoccus denitrificans - Struhárová, Iva (2009)
Za využití 2-DE experimentu byl studován účinek regulačních proteinů typu FNR (FnrP, NNR a NarR) bakterie P. denitrificans na globální proteomové úrovni. Proteomová analýza potvrdila řadu známých mechanismů, které byly validovány jednak vyhledáním FNR-boxů (rekogniční DNA sekvence FNR regulačních proteinů), jednak metodou kvantitativní real-time PCR. To potvrzuje, že řádně designovaný a provedený proteomický experiment je schopen takovéto regulace odhalit. Statistickou analýzou 2-DE gelů byly nalezeny proteiny, jejichž exprese se mění v závislosti na růstových podmínkách (aerobní, semiaerobní a semiaerobní s dusičnanem) nebo v závislosti na přítomnosti mutace v genu pro regulační protein. Ne u všech takto zjištěných proteinů je ale jasná jejich biologická funkce.