Epigeneticky kontrolované změny exprese genů u nádorových onemocnění
cDNA microarrays je progresivní technika umožňující studovat, sledovat a porovnávat transkripční aktivitu až několika tisíců genů najednou a dává nám ucelený obraz o genové expresi. Použili jsme tuto techniku pro studium a definování transkripčního statusu vydiferencovaných neutrofilů (z buněčné lin...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2006
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/67623/prif_m/ |
| Shrnutí: | cDNA microarrays je progresivní technika umožňující studovat, sledovat a porovnávat transkripční aktivitu až několika tisíců genů najednou a dává nám ucelený obraz o genové expresi. Použili jsme tuto techniku pro studium a definování transkripčního statusu vydiferencovaných neutrofilů (z buněčné linie HL-60), u kterých během procesu diferenciace do granulocytů dochází k výrazné změně tvaru buněčného jádra. Pro ex vivo studium granulopoézy jsme použili buněčnou linii HL-60. Pomocí cDNA microarrays techniky jsme porovnali změnu exprese v HL-60 buněčné linii, granulocytů diferencovaných z HL-60 pomocí DMSO a granulocytů získaných z periferní krve pacientů. Transformací dat získaných z cDNA do transkripčních map jsme vybrali chromosomální doménu s nízkou změnou exprese (upregulace nebo downregulace) v průběhu myeloidní diferenciace do neutrofilních granulocytů. Vybraná chromosomální doména splňovala nejlépe kritéria, která jsme si pro daný experiment stanovili. cDNA microarrays is an advanced technique that provides possibility of studing, monitoring and making comparison of transcription activity of more than thousands of genes at one moment and brings large scale view to gene expression. We have used this technique to study and define transcription statuses of differentiated granulocytes (from HL-60 cell line) that dramatically change nuclear shape during granulocyte differentiation process. We have used the HL-60 cell line to study ex vivo granulopoiesis. Using cDNA microarrays technique we have compared changes of gene expression in HL-60 cell line, in granulocytes differentiated from HL-60 by DMSO and granulocytes obtained from peripheral blood of patients. Using our microarrays data we have generated transcription maps. We have chosen chromosomal domain with low alternations of gene experession during myeloid differentiation to neutrophilic granulocyte. Selected chromosomal domains matched the requirements we have determined for our experiments in advance. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Irena Koutná |
| Fyzický popis: | 66 l. |