Empirical methods for calculating partial atomic charges /

Parciální atomové náboje jsou teoretický koncept, který zjednodušuje popis elektronové hustoty v molekule. Nacházejí mnoho uplatnění v oborech, jako je bioinformatika, biochemie nebo chemoinformatika. Parciální atomové náboje nemohou být zjištěny experimentálně -- jejich hodnoty musí být určeny výpo...

Celý popis

Uloženo v:
Podrobná bibliografie
Hlavní autor: Raček, Tomáš (Autor práce)
Další autoři: Matyska, Luděk, 1959- (Vedoucí práce)
Typ dokumentu: VŠ práce nebo rukopis
Jazyk:Angličtina
Vydáno: 2022
Témata:
On-line přístup:https://is.muni.cz/th/gy8gf/
Obálka
LEADER 06085ctm a22010457i 4500
001 MUB01006496919
003 CZ BrMU
005 20240523103108.0
008 220218s2022 xr ||||| |||||||||||eng d
STA |a POSLANO DO SKCR  |b 2023-04-17 
035 |a (ISMU-VSKP)246478 
040 |a BOD114  |b cze  |d BOD018  |e rda 
072 7 |a 004.4/.6  |x Programování. Software  |2 Konspekt  |9 23 
072 7 |a 53  |x Fyzika  |2 Konspekt  |9 6 
080 |a 539.19  |2 MRF 
080 |a 54:007  |2 MRF 
080 |a 539.18  |2 MRF 
080 |a 530.145.6  |2 MRF 
080 |a 547.96  |2 MRF 
080 |a 575.112  |2 MRF 
080 |a 577.1  |2 MRF 
080 |a 001.891-028.46  |2 MRF 
080 |a 004.925.8  |2 MRF 
080 |a 7.05  |2 MRF 
100 1 |a Raček, Tomáš  |% UČO 324965  |* [absolvent FI MU]  |4 dis 
242 1 0 |a Empirical methods for calculating partial atomic charges  |y eng 
245 1 0 |a Empirical methods for calculating partial atomic charges /  |c Tomáš Raček 
264 0 |c 2022 
300 |a ix, 126 stran :  |b ilustrace 
336 |a text  |b txt  |2 rdacontent 
337 |a bez média  |b n  |2 rdamedia 
338 |a svazek  |b nc  |2 rdacarrier 
500 |a Vedoucí práce: Luděk Matyska 
502 |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Fakulta informatiky, 2022 
520 2 |a Parciální atomové náboje jsou teoretický koncept, který zjednodušuje popis elektronové hustoty v molekule. Nacházejí mnoho uplatnění v oborech, jako je bioinformatika, biochemie nebo chemoinformatika. Parciální atomové náboje nemohou být zjištěny experimentálně -- jejich hodnoty musí být určeny výpočtem. Nejčastějším způsobem je využití kvantové mechaniky, ale výpočetní složitost těchto metod omezuje jejich použití pouze na velmi malé systémy. V posledních více než padesáti letech bylo vyvinuto velké množství tzv. empirických metod pro výpočet parciálních atomových nábojů. Tato skupina metod využívá parametrizovaná nebo naměřená experimentální data. Důsledkem toho jsou výrazně rychlejší než metody kvantové mechaniky a tedy použitelné i pro velké biomolekuly, jako jsou proteiny. Tato práce se zabývá několika tématy z oblasti empirických metod. Nejdříve ukážeme, jak mohou být existující metody vylepšeny, ať už manuálně pro určitou skupinu molekul nebo poloautomaticky s využitím symbolic  |% cze 
520 2 9 |a Partial atomic charges are a theoretical concept that simplifies the description of the electron density in a molecule. They find many applications in fields such as bioinformatics, biochemistry, or cheminformatics. Partial atomic charges cannot be obtained from experiment; their values must be determined by calculation. The most common method is the use of quantum mechanics (QM), but the computational complexity of these methods limits their application to very small systems. In the last more than 50 years, however, a large number of so-called empirical methods for calculating partial atomic charges have been developed. This group of methods uses parameterized or experimental data. As a consequence, they are significantly faster than QM methods and thus applicable even for large biomolecules such as proteins. This work addresses several topics in the field of empirical methods. First, we show how existing methods can be improved, both manually for specific groups of molecules and sem  |9 eng 
650 0 7 |a molekuly  |7 ph122950  |2 czenas 
650 0 7 |a chemoinformatika  |7 ph270789  |2 czenas 
650 0 7 |a atomy  |7 ph170602  |2 czenas 
650 0 7 |a kvantová mechanika  |7 ph115047  |2 czenas 
650 0 7 |a bílkoviny  |7 ph119082  |2 czenas 
650 0 7 |a bioinformatika  |7 ph194800  |2 czenas 
650 0 7 |a biochemie  |7 ph114149  |2 czenas 
650 0 7 |a empirický výzkum  |7 ph486121  |2 czenas 
650 0 7 |a parametrické modelování  |7 ph156637  |2 czenas 
650 0 7 |a design  |7 ph114303  |2 czenas 
650 0 9 |a molecules  |2 eczenas 
650 0 9 |a chemoinformatics  |2 eczenas 
650 0 9 |a atoms  |2 eczenas 
650 0 9 |a quantum mechanics  |2 eczenas 
650 0 9 |a proteins  |2 eczenas 
650 0 9 |a bioinformatics  |2 eczenas 
650 0 9 |a biochemistry  |2 eczenas 
650 0 9 |a empirical research  |2 eczenas 
650 0 9 |a parametric modeling  |2 eczenas 
650 0 9 |a design  |2 eczenas 
655 7 |a disertace  |7 fd132024  |2 czenas 
655 9 |a dissertations  |2 eczenas 
658 |a Informatika  |b Technologie a metodologie počítačových systémů  |c FI D-INF DIIAKOMB (DIIAKOMB)  |2 CZ-BrMU 
700 1 |a Matyska, Luděk,  |d 1959-  |7 jn20001103084  |% UČO 1904  |4 ths 
710 2 |a Masarykova univerzita.  |b Katedra počítačových systémů a komunikací  |4 dgg 
856 4 1 |u https://is.muni.cz/th/gy8gf/ 
CAT |c 20220218  |l MUB01  |h 0420 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220316  |l MUB01  |h 2228 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220316  |l MUB01  |h 2230 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220704  |l MUB01  |h 2102 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220821  |l MUB01  |h 0141 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220821  |l MUB01  |h 0141 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220821  |l MUB01  |h 1827 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221101  |l MUB01  |h 0226 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221101  |l MUB01  |h 0226 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221209  |l MUB01  |h 1819 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221213  |l MUB01  |h 2325 
CAT |a VESELA  |b 02  |c 20230109  |l MUB01  |h 1454 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230204  |l MUB01  |h 1103 
CAT |c 20230417  |l MUB01  |h 1117 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230629  |l MUB01  |h 0035 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230930  |l MUB01  |h 2153 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240306  |l MUB01  |h 1937 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240318  |l MUB01  |h 2139 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240327  |l MUB01  |h 1839 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240402  |l MUB01  |h 2255 
CAT |a VESELAX  |b 02  |c 20240523  |l MUB01  |h 1028 
CAT |a VESELAX  |b 02  |c 20240523  |l MUB01  |h 1030 
CAT |a VESELAX  |b 02  |c 20240523  |l MUB01  |h 1031 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20250203  |l MUB01  |h 1232 
LOW |a POSLANO DO SKCR  |b 2023-04-17 
994 - 1 |l MUB01  |l MUB01  |m VYSPR  |1 FI  |a Fakulta informatiky  |3 Diz. práce 2021  |5 42005D2735  |8 20230109  |f 72  |f Týdenní  |r 20230109 
AVA |a INF50  |b FI  |d Diz. práce 2021  |e available  |t K dispozici  |f 1  |g 0  |h N  |i 0