Studium molekulových interakcí v nukleových kyselinách : (deoxy)ribosa-báze a fosfát-báze /
Z-forma nukleových kyselin obsahuje stacking mezi cukrem a bází, který přispívá k stabilizaci její struktury. Blízký kontakt atomu O4′ deoxyribosy k bázi, který byl u této struktury pozorován, byl definován jako „lone pair-π interakce“, neboli interakce mezi volným elektronovým párem kyslíku a π-ele...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2018
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/egq6e/ |
| Shrnutí: | Z-forma nukleových kyselin obsahuje stacking mezi cukrem a bází, který přispívá k stabilizaci její struktury. Blízký kontakt atomu O4′ deoxyribosy k bázi, který byl u této struktury pozorován, byl definován jako „lone pair-π interakce“, neboli interakce mezi volným elektronovým párem kyslíku a π-elektrony aromatického kruhu báze. Další interakce zahrnující stacking atomu kyslíku nad bází byl pozorován u stackingu mezi fosfátem a bází v strukturním prvku U-turn RNA molekuly. Blízký kontakt mezi atomem OP a bází byl klasifikován jako „anion-π interakce“. K studiu těchto interakcí jsme v diplomové práci použili kvantově-chemické metody. Studované systémy byly DME(dimethylether)-báze a DMP(dimethylfosfát)-báze. Provedli jsme analýzu SAPT k rozložení interakční energie. Zjistili jsme, že k stabilizaci DME-báze stackingu dochází převážně v důsledku Londonovy disperze a do určité míry i elektrostatiky. V stackingu DMP a báze jsou Londonova disperze, indukce a elektrostatika téměř stejně ... Z-form of nucleic acids includes (deoxy)ribose-nucleobase stacking, which brings additional stabilization to this structure. The close contact between the O4' atom of the (deoxy)ribose and the nucleobase in the (deoxy)ribose-nucleobase stacking has been defined as ‘lone pair-π interaction’. Another interaction which involves stacking of the oxygen atom above the nucleobase has been found in phosphate-nucleobase stacking of RNA U-turns. The close contact between the OP atom and the nucleobase has been classified as an ‘anion-π interaction’. In this thesis, we used quantum-chemical methods to study these oxygen-π contacts. The studied systems were DME(dimethylether)-nucleobase and DMP(dimethyl phosphate)-nucleobase. We performed high-order SAPT analysis for the interaction energy decomposition. We found out, that the stabilization of the DME-nucleobase stacking stems mostly from London dispersion and to a lesser degree from electrostatics. In the DMP-nucleobase stacking the London ... |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jiří Šponer |
| Fyzický popis: | 81 listů |