Využití nanopórového sekvenování pro analýzu genomů helmintů /
V posledních několika letech se při studiu organismů (především na molekulárně-genetické úrovni) využívají sekvenační metody „druhé generace“. Ačkoliv tyto metody poskytují obrovské sumy dat, mají také jistá omezení, jako je např. délka sekvenovaných úseků a složitá příprava sekvenačních knihoven. N...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2018
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/h5shs/ |
| Shrnutí: | V posledních několika letech se při studiu organismů (především na molekulárně-genetické úrovni) využívají sekvenační metody „druhé generace“. Ačkoliv tyto metody poskytují obrovské sumy dat, mají také jistá omezení, jako je např. délka sekvenovaných úseků a složitá příprava sekvenačních knihoven. Některé z těchto problémů mohou být vyřešeny aplikací sekvenačních metod „třetí generace“, poskytující dlouhé úseky sekvencí (až 200 000 bází). Předložená bakalářská práce se zabývá teoretickou stránkou nejběžnějších sekvenačních metod a následně v praktické části je zaměřena na zhodnocení použití jedné ze sekvenačních metod třetí generace, nanopórového sekvenování na platformě MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK). Tato metoda byla využita pro sekvenaci genomu parazitického organismu Eudiplozoon nipponicum patřícího do skupiny Monogenea. In the last few years, the “second generation” of sequencing methods are used for studies of organisms, especially at molecular-genetic level. Although, these methods provide a robust data they also have some limits, e.g. the lenght of produced raw reads and time-consuming library preparation. Some of these problems could be solved by adoption of “third generation” sequencing methods, generating the long sequential reads (up to 200 000 bp). In theoretical part of the submitted bachelor thesis the most common sequencing methods are discussed and the practical part is focused on application of “third generation” sequencing method using nanopore sequencer MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK). We used this platform for genome sequencing of parasitic organism Eudiplozoon nipponicum from group Monogenea. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jiří Vorel |
| Fyzický popis: | 68 listů |