Charakterizace mobilních genetických elementů a potenciálních faktorů virulence v genomu Macrococcus sp. z humánního klinického materiálu /
V této práci byly osekvenovány genomy čtyř kmenů Macrococcus spp. izolovaných z humánního klinického materiálu a data analyzována se zaměřením na mobilní genetické elementy a faktory virulence. Byly identifikovány a bioinformatickými metodami blíže charakterizovány plazmidy a profágy těchto kmenů. P...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2017
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/394038/prif_m/ |
| Shrnutí: | V této práci byly osekvenovány genomy čtyř kmenů Macrococcus spp. izolovaných z humánního klinického materiálu a data analyzována se zaměřením na mobilní genetické elementy a faktory virulence. Byly identifikovány a bioinformatickými metodami blíže charakterizovány plazmidy a profágy těchto kmenů. Profágy byly také indukovány UV zářením a profág z kmene CCM 7927 byl charakterizován elektronovou mikroskopií. Dále byly analyzovány, anotovány a připraveny k uložení do databáze identifikované stafylokokové kazety SCC. Element SCCmec kmene CCM 4927 zajišťuje rezistenci k meticilinu a SCC elementy kmenů CCM 7100 a CCM 7927 nesou rezistenci k těžkým kovům. V genomech všech čtyř kmenů byly vyhledávány faktory virulence a rezistence k antibiotikům a jiným toxickým sloučeninám. Tato práce je první studií pontenciálně virulentních humánních makrokoků a výsledky mohou přispět k pochopení evoluce bakteriálních patogenů. Genomes of four strains Macrococcus spp. isolated from human clinical specimens were sequenced and analysed with focus on mobile genetic elements. Plasmids and prophages of these strains were identified and characterized using bioinformatic methods. Prophages were also induced by UV light and prophage of strain CCM 7927 was characterized using electron microscopy. Three staphylococcal cassette chromosomes were analysed, annotated, and prepared for database submission, explicitly SCCmec of strain CCM 4927 providing methicillin resistance, and SCC elements of strains CCM 7100 and CCM 7927 carrying heavy metal resistance. The genomes of all four strain were also examined for virulence factors and resistance to antibiotics and other toxic molecules. This work is a pioneer study of potential virulent human macrococci and its results help to understand the evolution of bacterial pathogens. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Roman Pantůček |
| Fyzický popis: | 64 listů, 12 nečíslovaných listů příloh |