Analysis and Visualization of Protein Structures /
Proteiny hrají důležitou roli téměř ve všech biologických procesech uvnitř žijících organizmů. Detailní porozumění jejich funkci, včetně studování jejich geometrie, fyzikálně-chemických vlastností a dynamiky je tak základním výzkumným tématem v mnoha oborech. Získané znalosti mohou být použity k vyt...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/207879/fi_d/ |
| Shrnutí: | Proteiny hrají důležitou roli téměř ve všech biologických procesech uvnitř žijících organizmů. Detailní porozumění jejich funkci, včetně studování jejich geometrie, fyzikálně-chemických vlastností a dynamiky je tak základním výzkumným tématem v mnoha oborech. Získané znalosti mohou být použity k vytvoření nových chemických sloučenin, jako jsou například léčiva. Ve vývoji léčiv je třeba najít správnou kombinaci proteinu a malé molekuly (ligandu), která povede k vzájemné chemické reakci měnící požadovaným způsobem vlastnosti ligandu. Laboratorní experimenty jsou však velmi nákladné a časově náročné, proto se v poslední době stávají velmi populární in-silico přístupy. V této dizertační práci se zaměříme na analýzu a vizualizaci proteinových struktur, kdy bude kladen důraz zejména na vizualizaci jejich vnitřního volného prostoru. Ten totiž zásadně ovlivňuje reaktivitu proteinu s dalšími molekulami. Nejprve tedy popíšeme nejrůznější techniky pro analýzu proteinů a poté navrhneme několik viz Proteins play an essential role in almost every biological process within living organisms. The detailed understanding of their functions, including studying their geometry, physico-chemical properties, and dynamics, is a vital condition in many fields. This knowledge can be, for instance, used to develop various chemical compounds, such as drugs. In this particular case, the drug designers are searching for a proper combination of a small molecule (ligand) and a protein, which leads to their mutual chemical reaction changing the ligand properties in a desired way. However, the in-vitro experiments are very expensive and time consuming. Therefore, the in-silico approaches are becoming very popular. In this thesis, we focus on the analysis and visualization of protein structures, namely their inner voids. The presence of these voids highly influences the reactivity of protein with other molecules. We first describe various techniques for protein and void analysis and then propose severa |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jiří Sochor |
| Fyzický popis: | x, 231 stran |