Studium struktury proteinů kombinací 3- a 4-dimenzionální NMR spektroskopie /
Ve své bakalářské práci jsem se věnoval studiu struktury C-term domény proteinu Nab3 pomocí metod Nukleární magnetické rezonance (NMR), rozptylu Roentgenova záření pod malými úhly (SAXS) a molekulové dynamiky. Naměřená a zpracovaná 3D/4D NMR spektra posloužila k přiřazení rezonančních frekvencí Calf...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/423609/prif_b/ |
| LEADER | 04586ctm a22006617i 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01006370322 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20161006101716.0 | ||
| 008 | 160628s2016 xr ||||| |||||||||||cze d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2016-10-09 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)283777 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD004 |e rda | ||
| 072 | 7 | |a 543 |x Analytická chemie |2 Konspekt |9 10 | |
| 080 | |a 543.429.23 |2 MRF | ||
| 080 | |a 577.112 |2 MRF | ||
| 080 | |a (043)378.22 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Nováček, Tomáš |% UČO 423609 |* [absolvent PřírF MU] |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Determination of protein structures using 3- and 4-dimensional NMR spectroscopy |y eng |
| 245 | 1 | 0 | |a Studium struktury proteinů kombinací 3- a 4-dimenzionální NMR spektroskopie / |c Tomáš Nováček |
| 264 | 0 | |c 2016 | |
| 300 | |a 45 listů | ||
| 336 | |a text |b txt |2 rdacontent | ||
| 337 | |a bez média |b n |2 rdamedia | ||
| 338 | |a svazek |b nc |2 rdacarrier | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Karel Kubíček | ||
| 502 | |a Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2016 | ||
| 520 | 2 | |a Ve své bakalářské práci jsem se věnoval studiu struktury C-term domény proteinu Nab3 pomocí metod Nukleární magnetické rezonance (NMR), rozptylu Roentgenova záření pod malými úhly (SAXS) a molekulové dynamiky. Naměřená a zpracovaná 3D/4D NMR spektra posloužila k přiřazení rezonančních frekvencí Calfa, Cbeta, N, HN a C' studovaného proteinu. Následně jsem rozšířil přiřazení o Halfa a Hbeta a ze 4D spekter korelujících postranní H a C jsem zkompletoval přiřazení rezonančních frekvencí. Přiřazené rezonance byly použity v 13C- a 15N-HSQC-NOESY spektrech pro získání meziprotonových vzdáleností. Výpočet založený na dynamice torzních úhlů spolu s dodatečnými manuálním definováním vodíkových můstků u beta-skládaných listů a alfa-helikálních struktur poskytl strukturu C-term domény. Struktura byla následně rafinována pomocí molekulové dynamiky a struktury obou výpočtů byly porovnány s daty získanými metodou SAXS, což potvrdilo správnost obou výpočtů. |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a In this thesis I studied the structure of the C-term domain of the Nab3 protein by the methods of Nuclear Magnetic Resonance (NMR), Small Angle X-ray Scattering (SAXS) and molecular dynamics. Measured and processed 3D/4D NMR spectra were used to assign the resonance frequencies of Calfa, Cbeta, N, HN and C' of the studied protein. Afterwards I assigned Halfa and Hbeta and using the 4D spectra correlating side H and C I was able to complete the assignment. Assigned resonances in combination with 13C- and 15N-HSQC-NOESY were used to define proton distance limits. The calculation based on the torsion angle dynamics with additional manually defined hydrogen bridges in the beta-sheets and alfa-helices yield the structure of the C-term domain. Afterwards the structure was refined by molecular dynamics and structures obtained by both calculations were compared to the SAXS method data, which confirmed their correctness. |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a bílkoviny |7 ph119082 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a nukleární magnetická rezonanční spektroskopie |7 ph690618 |2 czenas |
| 650 | 0 | 9 | |a nuclear magnetic resonance spectroscopy |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a proteins |2 eczenas |
| 655 | 7 | |a bakalářské práce |7 fd132403 |2 czenas | |
| 655 | 9 | |a bachelor's theses |2 eczenas | |
| 658 | |a Aplikovaná fyzika |b Lékařská fyzika |c PřF B-AF LEK (LEK) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Kubíček, Karel, |d 1977- |7 mub2013762059 |% UČO 20563 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Ústav fyziky kondenzovaných látek |7 mub20211110271 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/423609/prif_b/ |
| CAT | |c 20160628 |l MUB01 |h 0421 | ||
| CAT | |a RACLAVSKA |b 02 |c 20160720 |l MUB01 |h 1505 | ||
| CAT | |c 20160801 |l MUB01 |h 1557 | ||
| CAT | |a JANA |b 02 |c 20161006 |l MUB01 |h 1017 | ||
| CAT | |c 20161009 |l MUB01 |h 2232 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190108 |l MUB01 |h 0005 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 2345 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201102 |l MUB01 |h 0036 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210224 |l MUB01 |h 2247 | ||
| CAT | |a DRIMLOVAX |b 02 |c 20210413 |l MUB01 |h 0912 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1020 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 2007 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1247 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221017 |l MUB01 |h 0015 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230808 |l MUB01 |h 2146 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231216 |l MUB01 |h 0107 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 2357 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240707 |l MUB01 |h 2135 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2016-10-09 | ||