Architectonics of nucleic acids and their derivatives /
Předložená diplomová práce se zaměřuje na studium samoskladby RNA a DNA molekul pomocí molekulového modelování. Samoskladba RNA a DNA může být využita na přípravu rozmanitých nanostruktur, které mohou mít zajímavé strukturní a mechanické vlastnosti. Mohou být taktéž využity při léčbě různých onemocn...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/393300/prif_m/ |
| Shrnutí: | Předložená diplomová práce se zaměřuje na studium samoskladby RNA a DNA molekul pomocí molekulového modelování. Samoskladba RNA a DNA může být využita na přípravu rozmanitých nanostruktur, které mohou mít zajímavé strukturní a mechanické vlastnosti. Mohou být taktéž využity při léčbě různých onemocnění. V této práci jsme vytvořili dva atomistické modely motivu dvojitého překřížení (DX motiv), jeden s hybridními RNA-DNA duplexy, druhý pak pouze s DNA duplexy. Tyto struktury byly studovány pomocí molekulárně dynamických simulací. Byla pozorována znatelná změna konformace Hollidayova spoje v obou připravených modelech. Proto byla struktura Hollidayova spoje detailně studována. Pomocí výpočtů volných energií byl zjištěn znatelný energetický rozdíl mezi dvěma konformacemi Hollidayova spoje (otevřené a zavřené). Bylo získáno mnoho strukturních a dynamických parametrů popisujících Hollidayův spoj. Většina z těchto parametrů korelovala s experimentálními daty. Vytvořené atomistické modely ... This diploma thesis is focused on the study of self assembly of RNA and DNA molecules employing molecular modelling. These processes can be used for preparation of various nanostructures, which might have interesting structural and mechanical properties or can be employed in a biological treatment. In this work, we built up atomistic models of double crossover (DX) motif with both RNA-DNA hybrid duplexes and fully DNA duplexes. These structures were studied by MD simulations. A significant conformational change was observed at the Holliday junctions (HJs) in both models therefore structures of a single HJ were also studied in details to explain its conformational properties. Free energy calculations show a considerable energy difference between two observed conformations of HJ (unstacked and stacked). Many structural and dynamical parameters describing the structure of HJ were also calculated and most of them correlate with experimental data. Prepared atomistic models of self ... |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Petr Kulhánek |
| Fyzický popis: | 75 listů |