Integrated development environment for the analysis of molecular dynamics simulations /
Conversion and Analysis Tools (CATs) je softwarový balík pro analýzu výsledků získaných pomocí molekulárně dynamických simulací, který umožňuje využívat JavaScript pro přístup k různým analytickým nástrojům. Dosud však nástroji CATs chybělo uživatelské rozhraní - jeho použití bylo omezeno na příkazo...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/348646/prif_m/ |
| Shrnutí: | Conversion and Analysis Tools (CATs) je softwarový balík pro analýzu výsledků získaných pomocí molekulárně dynamických simulací, který umožňuje využívat JavaScript pro přístup k různým analytickým nástrojům. Dosud však nástroji CATs chybělo uživatelské rozhraní - jeho použití bylo omezeno na příkazový řádek. V rámci této práce bylo vytvořeno integrované vývojové prostředí, navržené speciálně pro práci s CATs. Jde o multiplatformní aplikaci s grafickým uživatelským rozhraním, která obsahuje všechny standardní prvky vývojového prostředí - mezi jinými je to editor zdrojového kódu, který zvýrazňuje syntaxi daného jazyka, vestavěný engine pro interpretaci CATs příkazů, a standardní debugger. Po úspěšné implementaci bylo vývojové prostředí otestováno při vytvoření a testování skriptu, který analyzuje molekulovou dynamiku struktury dané nukleové kyseliny, a promítá výsledky analýzy do PDF výstupu. Conversion and Analysis Tools (CATs) is a software package used to analyze the results of molecular dynamics simulations, which enables researchers to use a JavaScript environment to access a variety of tools for analysis. However, up until now, its use was somewhat restricted by a lack of user interface - it was only available as an interpreter, evaluating commands from a terminal. This thesis implements an integrated development environment (IDE), designed specifically for work with CATs. The CATs IDE is a multi-platform GUI application, and it contains all the standard IDE features - a syntax-highlighting code editor, a built-in CATs interpreter engine and a standard debugger, among others. Once implemented, the CATs IDE was successfully used to develop and test a script which analyzes the molecular dynamics of a nucleic acid structure, and presents the results of the analysis in a comprehensive PDF report. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Petr Kulhánek |
| Fyzický popis: | xi, 59 listů, 6 listů příloh |