Bakteriální endocytobionti amfizoických améb izolovaných z orgánů ryb
Volně žijící améby jsou častými hostiteli symbiotických bakterií. Diplomová práce je zaměřena na detekci symbiotických chlamydií pomocí molekulárních metod, konkrétně analýzy genu kódujícího 16S rRNA. Praktická část práce zahrnovala prověření celkem 86 vzorků DNA z 50 kmenů volně žijících améb. Běhe...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2015
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/357917/prif_m/ |
| Shrnutí: | Volně žijící améby jsou častými hostiteli symbiotických bakterií. Diplomová práce je zaměřena na detekci symbiotických chlamydií pomocí molekulárních metod, konkrétně analýzy genu kódujícího 16S rRNA. Praktická část práce zahrnovala prověření celkem 86 vzorků DNA z 50 kmenů volně žijících améb. Během PCR amplifikace byly otestovány 4 sady primerů specifických pro chlamydie. Z osekvenovaných amplikonů byly vybrány tři sekvence, které byly příbuzné zástupcům kmenu Chlamydiae. Sekvence pocházely ze stejného kmenu Acanthamoeba SBF 4/1, který byl izolován z biofilmu plastové nádrže pro chov ryb. Získané sekvence se na základě výsledků fylogenetické analýzy nejvíce přibližovaly rodu Neochlamydia. Objev symbiotické chlamydie v amébě rodu Acanthamoeba rozšiřuje poznatky o asociacích volně žijících améb a chlamydií ve vnějším prostředí. Free-living amoebae, frequent hosts of bacteria, were screened for the presence of chlamydial symbionts using molecular approach. A total of 86 DNA samples from 50 strains of free living amoebae was analysed by amplification of the 16S rRNA genes with four different primer sets designed for Chlamydiae and by sequencing of amplicons. Sequences of three samples that actualy belong to one Acanthamoeba strain SBF4/1 isolated from the sample of fish tank biofilm were identified as being related to Chlamydiae. Phylogenetic analysis assigned these sequences to the cluster containing sequences of Neochlamydia spp. This molecular proof of the presence of chlamydial symbiont in Acanthamoeba expands current data on symbiotic associations of free living amoebae and Chlamydiae. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Iva Dyková |
| Fyzický popis: | 65 listů |