Identifikace a charakterizace kvadruplex formujících segmentů v promotorové DNA.
Tato práce zkoumá možnosti selektivního targetování FGFR3 signalingu pomocí DNA G-kvadruplexů (G4) lokalizovaných v promotorových oblastech fgf2, fgf3, fgfr2 a fgfr3 genů. V práci je popsaná biologická funkce příslušných genů a jejich úloha v souvislosti s nenormálním FGFR3 signalingem způsobujícím...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Slovenština |
| Vydáno: |
2014
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/394021/prif_b/ |
| Shrnutí: | Tato práce zkoumá možnosti selektivního targetování FGFR3 signalingu pomocí DNA G-kvadruplexů (G4) lokalizovaných v promotorových oblastech fgf2, fgf3, fgfr2 a fgfr3 genů. V práci je popsaná biologická funkce příslušných genů a jejich úloha v souvislosti s nenormálním FGFR3 signalingem způsobujícím skeletální dysplázie a dále se práce zabývá úlohou G4 při regulaci genové exprese. Tato práce následne navrhuje způsob selektivního targetování FGFR3 signalingu pomocí genomem inspirovaných G4 aptametrů. Za tímto účelem byla provedena bioinformatická analýza promotorových oblastí těchto genů, na jejímž základě byly vytvořené G4 oligonukleotidy. Schopnost těchto oligonukleotidů interagovat s FGFR3 signalingem byla testována ve fenotypové eseji na RCS chondrocytech. Sekundární struktura G4 oligonukleotidů byla prozkoumána pomocí NMR spektroskopie a byla daná do korelace výsledky bioinformatické analýzy a fenotypové eseje. In this thesis we study posibilities of selective targetting of aberrant FGFR3 signaling by using DNA G-quadruplexes (G4) localised in promoter region of fgf2, fgf3, fgfr2 a fgfr3 genes. In this work we describe biological function of these genes and their role in aberrant FGFR3 signaling causing skeletal dysplasias, than this work focus on the role of G4´s in regulation of gene expression. This work suggest the way of selective targetting of FGFR3 signaling by genome inspired G4 aptamers. To acheve this goal we run the bioinformatics analysis of promoter regions of studied genes and according to this analysis we designed G4 oligonucleotides. We run phenotype assay on RCS chondrocytes to verify the ability to interact with FGFR3 signaling of these oligonucleotides . Secondary structure of oligonucleotides was verified by NMR spectroscopy and related to results of bioinformatics analyse and phenotype assay. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Lukáš Trantírek |
| Fyzický popis: | 71 l. |