Predikce hodnot pKa na základě EEM atomových nábojů
Disociační konstanta pKa je velmi důležitou vlastností molekuly, a proto je vývoj spolehlivých a rychlých metod pro predikci pKa jednou z klíčových oblastí výzkumu. Tato práce zjišťuje, jestli lze predikovat pKa pomocí QSPR modelů využívajících empirické atomové náboje, konkrétně náboje vypočítané m...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2013
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/327887/prif_m/ |
| LEADER | 07298ctm a22012977a 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01000862768 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20130904095734.0 | ||
| 008 | 130615s2013 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-10-05 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)244650 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 | ||
| 072 | 7 | |a 547 |x Organická chemie |2 Konspekt |9 10 | |
| 080 | |a 530.145.6 |2 MRF | ||
| 080 | |a 547.1-32 |2 MRF | ||
| 080 | |a 547.56 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Geidl, Stanislav, |d 1988- |7 mub2017960907 |% UČO 327887 |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Predicting pKa values from EEM atomic charges |y eng |
| 245 | 1 | 0 | |a Predikce hodnot pKa na základě EEM atomových nábojů |h [rukopis] / |c Stanislav Geidl |
| 260 | |c 2013 | ||
| 300 | |a 78 l. : |b il. + |e 1 CD-ROM. | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Jaroslav Koča | ||
| 502 | |a Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013 | ||
| 520 | 2 | |a Disociační konstanta pKa je velmi důležitou vlastností molekuly, a proto je vývoj spolehlivých a rychlých metod pro predikci pKa jednou z klíčových oblastí výzkumu. Tato práce zjišťuje, jestli lze predikovat pKa pomocí QSPR modelů využívajících empirické atomové náboje, konkrétně náboje vypočítané metodou EEM (Electronegativity Equalization Method). V rámci práce jsme nejdříve shromáždili 18 sad EEM parametrů vytvořených pro 8 různých kvantově mechanických (QM) nábojových schémat. Poté jsme si připravili tréninkovou sadu 74 molekul substituovaných fenolů. Dále jsme pro každou molekulu vytvořili její disociovanou formu tak, že jsme odstranili fenolový vodík. Pro všechny molekuly v tréninkové sadě jsme pak vypočítali EEM náboje pomocí 18 sad EEM parametrů a QM náboje pomocí 8 zmíněných nábojových schémat. Pro každý typ QM a EEM nábojů jsme vytvořili jeden QSPR model, využívající náboje z nedisociované molekuly (QSPR model se třemi deskriptory), a jeden QSPR model, využívající náboje z d |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a The acid dissociation constant pKa is a very important molecular property, and there is a strong interest in the development of reliable and fast methods for pKa prediction. We have evaluated the pKa prediction capabilities of QSPR models based on empirical atomic charges calculated by the Electronegativity Equalization Method (EEM). Specifically, we collected 18 EEM parameter sets created for 8 different quantum mechanical (QM) charge calculation schemes. Afterwards, we prepared a training set of 74 substituted phenols. Additionally, for each molecule we generated its dissociated form by removing the phenolic hydrogen. For all the molecules in the training set, we then calculated EEM charges using the 18 parameter sets, and the QM charges using the 8 above mentioned charge calculation schemes. For each type of QM and EEM charges, we created one QSPR model employing charges from the non-dissociated molecules (three descriptor QSPR models), and one QSPR model based on charges from both |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a atomy |7 ph170602 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a disociační konstanta |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a EEM |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a fenoly |7 ph145181 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a karboxylové kyseliny |7 ph316203 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a kvantová mechanika |7 ph115047 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a pKa |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a atoms |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a carboxylic acids |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a dissociation constant |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a phenols |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a quantum mechanics |2 eczenas |
| 655 | 7 | |a diplomové práce |7 fd132022 |2 czenas | |
| 658 | |a Biochemie |c PřF N-BCH CHI |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Koča, Jaroslav, |d 1955-2021 |7 jn20000710314 |% UČO 610 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/327887/prif_m/ |
| CAT | |c 20130615 |l MUB01 |h 0421 | ||
| CAT | |a FOLTYNOVA |b 02 |c 20130626 |l MUB01 |h 0915 | ||
| CAT | |a FOLTYNOVA |b 02 |c 20130904 |l MUB01 |h 0957 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140108 |l MUB01 |h 1136 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20140120 |l MUB01 |h 1355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140417 |l MUB01 |h 1230 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1333 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1350 | ||
| CAT | |c 20140911 |l MUB01 |h 1612 | ||
| CAT | |c 20140912 |l MUB01 |h 1106 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20141104 |l MUB01 |h 1320 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20150107 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |c 20150703 |l MUB01 |h 1222 | ||
| CAT | |c 20150901 |l MUB01 |h 1450 | ||
| CAT | |c 20150921 |l MUB01 |h 1411 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20151203 |l MUB01 |h 1045 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20151226 |l MUB01 |h 0406 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20170810 |l MUB01 |h 1052 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20170810 |l MUB01 |h 1107 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20171219 |l MUB01 |h 1211 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0732 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1419 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1343 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 0849 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1210 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1218 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1134 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1958 | ||
| CAT | |c 20201005 |l MUB01 |h 1143 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1125 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0514 | ||
| CAT | |a VACOVAX |b 02 |c 20201211 |l MUB01 |h 1114 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2156 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1004 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1952 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20210703 |l MUB01 |h 2351 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1221 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2118 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0136 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2352 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0025 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0036 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240519 |l MUB01 |h 0019 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240613 |l MUB01 |h 2039 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240701 |l MUB01 |h 2141 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240729 |l MUB01 |h 2337 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-10-05 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-2013-K-9088 |5 3285005791 |8 20130702 |f 71 |f Prezenční SKLAD |r 20130702 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-2013-K-9088 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||