Investigation of acetylcholinesterase by the means of computational chemistry
Acetylcholinesterasa (EC 3.1.1.7) je dokonalý katalyzátor. Monomer tohoto enzymu je schopen hydrolyzovat přirozený substrát acetylcholin s rychlostí obratu výrazně převyšující 10 000 katalytických cyklů za sekundu. Už 80 let přitahuje tento enzym živý zájem výzkumníků z oblastí molekulární biologie,...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/151570/prif_d/ |
| LEADER | 07297ctm a22012737a 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01000701607 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20231128144126.0 | ||
| 008 | 111222s2011 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-04-01 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)87555 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 | ||
| 072 | 7 | |a 577 |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika |2 Konspekt |9 2 | |
| 080 | |a 577.15 |2 MRF | ||
| 080 | |a 544:004 |2 MRF | ||
| 080 | |a 544.2 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Wiesner, Jiří |% UČO 151570 |* [absolvent PřírF MU] |4 dis | |
| 245 | 1 | 0 | |a Investigation of acetylcholinesterase by the means of computational chemistry |h [rukopis] / |c Jiří Wiesner |
| 246 | 1 | 1 | |a Studium acetylcholinesterasy metodami výpočetní chemie |
| 260 | |c 2011 | ||
| 300 | |a 93 s. | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Jaroslav Koča | ||
| 502 | |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2011 | ||
| 520 | 2 | |a Acetylcholinesterasa (EC 3.1.1.7) je dokonalý katalyzátor. Monomer tohoto enzymu je schopen hydrolyzovat přirozený substrát acetylcholin s rychlostí obratu výrazně převyšující 10 000 katalytických cyklů za sekundu. Už 80 let přitahuje tento enzym živý zájem výzkumníků z oblastí molekulární biologie, biochemie a lékařství. Nejvíce zkoumanými jevy jsou inhibice, katalytický mechanismus a reaktivace. V této dizertační práci je pro studium dynamiky acetylcholinesterasy v jejích různých protonačních stavech používána molekulová mechanika, molekulová dynamika, termodynamická integrace a výpočty potenciálu střední síly. Modely založené na molekulové mechanice s sebou nesou jedno výrazné omezení a to nemožnost měnit topologii chemických vazeb. Pro vyvážení tohoto nedostatku, bylo potřeba provést více simulací s různou vazebnou topologií - s různou protonací glutamových kyselin umístěných v aktivním místě (E202, E334 a E450). Při molekulové dynamice plně ionisovaného stavu došlo k výrazné ... |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a Acetylcholinesterase (EC 3.1.1.7) is perfect catalyst. Single monomer of this enzyme hydrolyses the native substrate, acetylcholine, with a turnover rate by far exceeding 10,000 catalytic cycles per second. For about 80 years, this enzyme has drawn vivid interest of researchers from the fields of molecular biology, biochemistry and medicine. Inhibition, catalytic mechanism and reactivation of acetylcholinesterase are the most emphasised research topics. In this dissertation thesis, molecular dynamics, thermodynamic integration and potential of mean force calculations are used to study the dynamics acetylcholinesterase in its various protonation states. Since a molecular mechanics potential is employed to calculate potential energy in the simulations, there is a major limitation imposed by this model - fixed topology of chemical bonds. This shortcoming of the model is compensated by running multiple simulations of different bonding topology - of various proton configurations ... |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a acetylcholinesterasa |2 czmesh |
| 650 | 0 | 7 | |a molekulární chemie |7 ph122954 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a počítačová chemie |7 ph534651 |2 czenas |
| 650 | 0 | 9 | |a computational chemistry |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a molecular chemistry |2 eczenas |
| 650 | 0 | 2 | |a Acetylcholinesterase |
| 655 | 7 | |a disertace |7 fd132024 |2 czenas | |
| 655 | 9 | |a dissertations |2 eczenas | |
| 658 | |a Biochemie (čtyřleté) |b Biomolekulární chemie |c PřF D-BCH4 BIOM (BIOM) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Koča, Jaroslav, |d 1955-2021 |7 jn20000710314 |% UČO 610 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/151570/prif_d/ |
| CAT | |c 20111222 |l MUB01 |h 0422 | ||
| CAT | |a batch |b 00 |c 20120324 |l MUB01 |h 0154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20120410 |l MUB01 |h 1335 | ||
| CAT | |a VASICEK |b 02 |c 20120723 |l MUB01 |h 1328 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20130304 |l MUB01 |h 1342 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20130402 |l MUB01 |h 2300 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20130402 |l MUB01 |h 2301 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140108 |l MUB01 |h 1136 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20140120 |l MUB01 |h 1355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140416 |l MUB01 |h 0651 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1349 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20141104 |l MUB01 |h 1319 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20150107 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |c 20150901 |l MUB01 |h 1448 | ||
| CAT | |c 20150921 |l MUB01 |h 1409 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20151203 |l MUB01 |h 1045 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20151226 |l MUB01 |h 0224 | ||
| CAT | |c 20170119 |l MUB01 |h 1537 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20171219 |l MUB01 |h 1211 | ||
| CAT | |c 20180202 |l MUB01 |h 1041 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0731 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1419 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1343 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 0849 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1210 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1218 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1134 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |c 20200306 |l MUB01 |h 1846 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1958 | ||
| CAT | |c 20200401 |l MUB01 |h 1253 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1125 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0514 | ||
| CAT | |a VACOVAX |b 02 |c 20201211 |l MUB01 |h 1114 | ||
| CAT | |c 20210121 |l MUB01 |h 1011 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2156 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1147 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 0957 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1946 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20210703 |l MUB01 |h 2351 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1211 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2118 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0136 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2352 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20231128 |l MUB01 |h 1441 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0025 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0035 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240519 |l MUB01 |h 0019 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240613 |l MUB01 |h 2039 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240701 |l MUB01 |h 2141 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240729 |l MUB01 |h 2337 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-04-01 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-2011-K-8593 |5 3285005047 |8 20120723 |f 70 |f Prezenční |r 20120723 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-2011-K-8593 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||