Vývoj elektrochemické metody pro analýzu PCR amplikonů vybraných genomových sekvencí
V rámci této diplomové práce byly zkoumány vlastnosti fragmentů DNA modifikovaných 7-deazapuriny, syntetickými analogy purinových bází, postrádajících atom dusíku v poloze 7 (ten je nahrazen skupinou C-H). V důsledku toho 7-deazapuriny nemohou vstupovat do Hoogsteenova párování a příslušně modifikov...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/211728/prif_m/ |
| Shrnutí: | V rámci této diplomové práce byly zkoumány vlastnosti fragmentů DNA modifikovaných 7-deazapuriny, syntetickými analogy purinových bází, postrádajících atom dusíku v poloze 7 (ten je nahrazen skupinou C-H). V důsledku toho 7-deazapuriny nemohou vstupovat do Hoogsteenova párování a příslušně modifikovaná DNA nemůže vytvářet víceřetězcové sekundární struktury, čehož se využívá při některých aplikacích PCR. V této práci je ukázáno, že DNA, do níž byly pomocí DNA polymerázy začleněny 7-deazapuriny, částečně nebo plně nahrazující přirozené puriny, je možné snadno analyzovat pomocí elektrochemických metod. Na uhlíkové elektrodě poskytují oba 7-deazapuriny oxidační signály při výrazně méně pozitivních potenciálech, než jejich přirozené protějšky. Na rtuťové elektrodě 7-deazaguanin (na rozdíl od guaninu) neposkytuje anodický pík G ani žádný jiný specifický signál. Elektrochemická měření na rtuťové elektrodě dále ukázala, že pouze v případě dsDNA s rostoucím stupněm modifikace DNA 7-deazaadenin In this work fragments of modified DNA with 7-deazapurines, analogues of natural purine bases with substituted nitrogen in position 7 by C-H group, were analysed. Due to the absence of N7 7-deazapurines are incapable of forming Hoogsteen base pairs and DNA with these modified bases is not able to form multistranded DNA structures. In this work it has been shown that it is possible easily analyze DNA with enzymaticaly incorporated 7-deazapurines fully or partly replacing natural purines by electrochemical methods. At carbon electrode both 7-deazapurines yield oxidation peaks at less positive potencials compared to the natural adenine and guanine residues. At mercury electrode 7-deazaguanine does not yield peak G (which is produced by natural guanine) or any other specific signal (natural guanine does). Other electrochemical experiments showed increasing intensities of peak CA and peak G in case of increasing modification of dsDNA with 7-deazaadenine. This behaviour suggests a lower s |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Miroslav Fojta |
| Fyzický popis: | 59 l. |