Structural dynamics of the catalytic RNA computational study of the hepatitis delta virus ribozyme /
Disertační práce je zaměřena na studium strukturní dynamiky ribozymu Hepatitis Delta Viru (HDV), který využívá jednu ze svých vlastních bází pro obecnou acid/base katalýzu. Cis-působící genomický HDV ribozym byl zkoumán pomocí molekulární dynamiky (MD) na nanosekundové časové škále a výzkum poskytl...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2009.
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/139498/prif_d/ |
| LEADER | 07392ctm a22013097a 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01000585232 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20200528074346.0 | ||
| 008 | 090529s2009 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2018-08-31 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)87558 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 | ||
| 072 | 7 | |a 577 |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika |2 Konspekt |9 2 | |
| 080 | |a 577.113.8 |2 MRF | ||
| 080 | |a 577 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Krasovska, Maryna |7 xx0128637 |% UČO 139498 |4 dis | |
| 245 | 1 | 0 | |a Structural dynamics of the catalytic RNA |h [rukopis] : |b computational study of the hepatitis delta virus ribozyme / |c Maryna Krasovska. |
| 260 | |c 2009. | ||
| 300 | |a 71 s., [103] s. příl. | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Jiří Šponer. | ||
| 502 | |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2009. | ||
| 520 | 2 | |a Disertační práce je zaměřena na studium strukturní dynamiky ribozymu Hepatitis Delta Viru (HDV), který využívá jednu ze svých vlastních bází pro obecnou acid/base katalýzu. Cis-působící genomický HDV ribozym byl zkoumán pomocí molekulární dynamiky (MD) na nanosekundové časové škále a výzkum poskytl následující hlavní výsledky. Studium dynamiky aktivního místa a vliv modifikace C75 nukleobáze: Neprotonizovaný C75 dočasně vytvoří vodíkovou vazbu mezi C75(N3) a U-1(O2'), což je doprovázeno dalšími konformačními změnami, které jsou potřebné pro tvorbu konfigurace “in-line attack” během štěpící reakce kde C75 funguje jako obecná báze. Tyto výsledky jsou v souladu s úlohou C75 jako obecné báze během katalýzy kde hydratovaný Mg2+ funguje jako obecná kyselina. Avšak nelze vyloučit alternativní mechanismus reakce, který zahrnuje C75H+ jako obecnou kyselinu. Kompaktní terciární struktura HDV ribozymu obsahuje několik významných míst s negativním elektrostatickým potenciálem (ESP). |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a The presented PhD thesis was focused on the structural dynamics of the HDV ribozyme, which utilizes one of its own nucleobases for general acid/base catalysis. The cis-acting genomic HDV ribozyme was studied by explicit-solvent molecular dynamics (MD) on nanosecond time scale, the following results were obtained. Dynamics of the active site and influence of modifications of C75 nucleobase was studied. An unprotonated C75 shows a transient H-bond between C75(N3) and U-1(O2') accompanied by other conformational rearrangements, which are required for formation of in-line attack configuration in cleavage reaction that invoke C75 as the general base. These results are consistent with a role of C75 as the general base during catalysis complemented by general acid action of a hydrated Mg2+, although can not rule out alternative reaction mechanism which involves C75H+ as general acid. |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a RNA (nukleové kyseliny) |7 ph125167 |2 czenas |
| 650 | 0 | 9 | |a ribonucleic acids |2 eczenas |
| 655 | 7 | |a disertace |7 fd132024 |2 czenas | |
| 658 | |a Biochemie (čtyřleté) |b Biomolekulární chemie |c PřF D-BCH4 BIOM (BIOM) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Šponer, Jiří, |d 1964- |7 ola2003204899 |% UČO 28764 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/139498/prif_d/ |
| CAT | |c 20090529 |l MUB01 |h 0451 | ||
| CAT | |a VASICEK |b 02 |c 20090819 |l MUB01 |h 1310 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 02 |c 20091102 |l MUB01 |h 0711 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 02 |c 20091103 |l MUB01 |h 0208 | ||
| CAT | |c 20091203 |l MUB01 |h 0230 | ||
| CAT | |c 20091203 |l MUB01 |h 1912 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20091219 |l MUB01 |h 0813 | ||
| CAT | |c 20100428 |l MUB01 |h 1012 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20100501 |l MUB01 |h 1213 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20100929 |l MUB01 |h 0334 | ||
| CAT | |c 20110627 |l MUB01 |h 1915 | ||
| CAT | |c 20110627 |l MUB01 |h 2323 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20111026 |l MUB01 |h 1103 | ||
| CAT | |a batch |b 00 |c 20120324 |l MUB01 |h 0125 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20120607 |l MUB01 |h 1523 | ||
| CAT | |c 20120610 |l MUB01 |h 1944 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20121004 |l MUB01 |h 1252 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20130303 |l MUB01 |h 1103 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20130528 |l MUB01 |h 1538 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140417 |l MUB01 |h 1230 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1332 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1349 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20141104 |l MUB01 |h 1319 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20150107 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |c 20150901 |l MUB01 |h 1443 | ||
| CAT | |c 20150921 |l MUB01 |h 1404 | ||
| CAT | |a NEDOMOVAX |b 02 |c 20151002 |l MUB01 |h 1954 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20151203 |l MUB01 |h 1045 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20151226 |l MUB01 |h 0018 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20161219 |l MUB01 |h 1558 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20171219 |l MUB01 |h 1213 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |c 20180831 |l MUB01 |h 1053 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0731 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1419 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1342 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 0848 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1210 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1218 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1133 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1958 | ||
| CAT | |a VARTECKAX |b 02 |c 20200528 |l MUB01 |h 0743 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1125 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0514 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2156 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1147 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 0938 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1927 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1146 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2118 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221101 |l MUB01 |h 0912 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0136 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2352 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231012 |l MUB01 |h 2100 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0025 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0035 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240513 |l MUB01 |h 1950 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240519 |l MUB01 |h 0019 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240613 |l MUB01 |h 2039 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240701 |l MUB01 |h 2141 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240729 |l MUB01 |h 2337 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2018-08-31 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-2009-K-7333 |5 3285002214 |8 20090907 |f 71 |f Prezenční SKLAD |r 20090907 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-2009-K-7333 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||