Selected Entity Transfers in Biomolecular Systems Studied by Computional Methods
Předkládaná disertační práce se zaměřuje na použití výpočetních metod ke studiu přenosu entit v biomolekulárních systémech. Prvním studovaným problémem byl přenos protonu v krátkých protonovaných oligopeptidech. Ke studiu byly zvoleny tři modely popisující situaci na jednom až třech aminokyselinovýc...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2006.
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | Elektronická verze přístupná pouze pro studenty a pracovníky MU |
| Shrnutí: | Předkládaná disertační práce se zaměřuje na použití výpočetních metod ke studiu přenosu entit v biomolekulárních systémech. Prvním studovaným problémem byl přenos protonu v krátkých protonovaných oligopeptidech. Ke studiu byly zvoleny tři modely popisující situaci na jednom až třech aminokyselinových zbytcích. K výpočtům byl použit hybridní funkcionál B3LYP a báze od úrovně 6-31+G* po úroveň 6-31++G**. V použitých modelech bylo nalezeno několik možných cest přenosu protonu, přičemž nejvyšší nalezená bariéra (~ 50 kcal/mol) byla pro přeskok protonu z karbonylového kyslíku na atom dusíku amidické vazby. Další výpočty byly proto zaměřeny na interakce protonu s karbonylovými kyslíky amidických skupin. V tomto případě bylo zjištěno, že izomerace protonu okolo částečné dvojné vazby karbonylové skupiny vykazuje ve všech modelech rychlost určující energetické bariéry okolo 10-18 kcal/mol. V modelu dipeptidu bylo dále zjištěno, že přítomnost jedné molekuly vody významně ovlivňuje mechanismus př. The presented dissertation is focused on the utilization of computational methods for studies of selected entity transfer processes in biomolecular systems. The first studied process was proton transfer in short protonated oligopeptides. Three models were selected to describe the situation on one to three aminoacid residues. Hybrid functional B3LYP with 6-31+G* and 6-31++G** basis sets was employed in all calculations. Several possible proton transfer pathways were found in the used models. The highest energy barrier (~ 50 kcal/mol) was found for the movement of a proton from the carbonyl oxygen to nitrogen atoms of the amide group. Therefore, further calculations were only focused on the interaction of the proton with carbonyl oxygen atoms. In this case, the isomerization of the proton around partial double carbonyl bond exhibits energy barriers of about 10-18 kcal/mol in all models. When a single water molecule was added to the studied system, the mechanism of proton transfer was sig. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jaroslav Koča. |
| Fyzický popis: | 1 CD-ROM. |