The visualization of secondary structure elements of proteins in 2D - Hutařová Vařeková, Ivana (2023)
Pokročilé metodiky strukturní analýzy umožnily vědcům popsat rozsáhlé množství proteinových 3D struktur. Důležitou součástí proteinů jsou elementy sekundární struktury (SSE) - šroubovice a skládané listy. Každý protein se skládá z jedné nebo více proteinových domén. Tyto domény jsou rozděleny do skupin (takzvaných proteinových rodin), které mají podobnou 3D strukturu a biologické funkce, ale pocházejí z různých organismů. Vizualizace SSE v rámci proteinových domén pomocí 2D SSE diagramů je nejvhodnějším způsobem, jak popsat architekturu proteinu nebo proteinové rodiny a jak porovnat jednotlivé proteinové domény. Naneštěstí stávající nástroje pro generování 2D SSE diagramů proteinových domén operují vždy pouze s jednou doménou a neberou v potaz její 3D strukturu. Neposkytují proto vhled do prostorového uspořádání proteinových domén a nemohou být použity pro jejich porovnávání. Tato práce je zaměřena na vývoj algoritmů pro generování 2D SSE diagramů, které překonávají tyto limitace. V