Studium rozhraní mezi proteiny a nukleovými kyselinami pomocí QM/MM metody - Pokorná, Pavlína (2018)
Interakce proteinů s RNA jsou klíčové pro všechny fáze genové exprese a jejich regulaci. Strukturní dynamiku protein-RNA komplexů na atomární úrovni lze studovat výpočetní metodou molekulárně dynamických (MD) simulací. Nicméně díky zjednodušením použitým v molekulárně-mechanickém (MM) silovém poli, které popisuje molekulové interakce v MD, není popis simulovaných systémů vždy spolehlivý. Cílem této práce je posoudit použitelnost fyzikálně korektnější kvantově-mechanické/molekulárně-mechanické (QM/MM) metody pro odhad nepřesností silových polí v popisu konkrétních protein-RNA rozhraní. Nejdříve je metoda QM/MM použita k objasnění zdrojů mírných nestabilit v MD simulacích bakteriálního regulačního komplexu HutP porovnáním geometrií rozhraní optimalizovaných pomocí MM a QM/MM s TPSS-D3(BJ)/def2-TZVP metodou použitou pro QM region. V druhé části práce je zhodnocena vhodnost použití několika výpočetně méně náročných QM metod pro podobné QM/MM výpočty. K tomuto účelu jsou použity HutP a lidský ...