Počítačové inženýrství enzymů se zanořenými aktivními místy - Dunajová, Zuzana (2018)
Enzymy jsou biomolekuly s jedinečnými vlastnostmi, které urychlují chemické reakce v živých systémech. Pro využití enzymů pro průmyslové a biotechnologické účely je často nutné vylepšit jejich vlastnosti a účinnost pomocí metod proteinového inženýrství. Racionální design, jenž je jedním z hlavních přístupů k enzymovému inženýrství, využívá výpočetní metody k pochopení mechanismů, které ovlivňují vztahy struktury a funkce biomolekul a upravuje je podle specifických potřeb. Tato diplomová práce je zaměřena na racionální design aktivity halogenalkandehalogenasy DhaA31 k antropogenní znečišťující látce 1,2,3-trichlorpropanu (TCP). Tento enzym obsahuje pohřbenou katalytickou dutinu a molekulární tunely, které mohou ovlivňovat katalytické mechanismy. V první části práce byla provedena detailní mechanistická studie porovnávající limitní katalytické kroky DhaA31 s jeho předchůdcem DhaA pomocí molekulově dynamických simulací s ligandy a výpočty vazebné energie. Získané poznatky byly následně ...