Analýza repetitivní DNA v eukaryotických genomech - Ihradská, Veronika; Peška, Vratislav, 1978-; Masarykova univerzita. Ústav biochemie (2018)
Tato diplomová práce je zaměřena na repetitivní DNA v genomech rostlin - rodu Allium. Konkrétně se zabývá identifikací, charakterizací a kvantifikací repetic u A. cepa, A. sativum a A. ursinum. V úvodu této práce jsou shrnuty poznatky ze současné literatury o klasifikaci, významu, funkci a charakterizaci repetic včetne neobvyklých telomerových sekvencí. V praktické části této práce je vůbec poprvé provedena lokalizace telomerické sekvence na metafázních chromozomech A. sativum (2n = 16). Komparativní studie repetitivní DNA v genomu A. cepa a A. sativum, které jsou si evolučně blízké a v genomu A. ursinum, který je od zmíněných dvou evolučně vzdálený, byla provedena pomocí nástroje RepeatExplorer a Tandem Repeats Finder. Vybrané identifikované tandemové repetice byly lokalizovany pomocí fluorescenční in situ hybridizace (FISH) na metafázních chromozomech a jejich relativní podíl v genomu byl odhadnut pomocí dot-blotu. Z výsledků této práce vyplýva, že telomerová sekvence 5´-(CTCGGTTATGG
This diploma thesis is focused on repetitive DNA in plant genomes - genus Allium. In particular, the identification, characterization and quantification of the repeats in A. cepa, A. sativum and A. ursinum is lacking. At the beginning of this work the findings from the current literature on the classification, significance, function and characterization of repetition are summarized, including unusual telomeric sequences. In the practical part of this work, localization of the telomeric sequence on metaphase chromosomes A. sativum (2n = 16) was declared for the first time. A comparative study of repetitive DNA in A. cepa and A. sativum, which are evolutionarily close, and in the species A. ursinum, which is from the two evolutionarily remote, was done using the RepeatExplorer and Tandem Repeats Finder. Selected identified tandem repeats were localized by fluorescence in situ hybridization (FISH) on metaphase chromosomes and their abundancy in the genome was estimated by dot-blot. The re
Vedoucí práce: Vratislav Peška
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2018
Keywords: DNA (nukleová kyselina); genom; hybridizace in situ fluorescenční; imunoblotting; RepeatExplorer; deoxyribonucleic acid; genome; Immunoblotting; In Situ Hybridization, Fluorescence; diplomové práce; master's theses