Změny v transkriptomu bakterie Streptococcus mutans v závislosti na vnějším prostředí - Žajdlíková, Veronika (2018)
Streptococcus mutans je významným zástupcem mikrobiomu dutiny ústní, který metabolismem kariogenních cukrů vytváří organické kyseliny, a tím přispívá k tvorbě zubního kazu. Cílem této bakalářské práce bylo analyzovat změny v transkriptomu této bakterie v závislosti na sacharidu obsaženém v kultivačním médiu. Bakterie S. mutans byla kultivována v médiích obsahujících jednotlivé sacharidy, následně byla izolována její RNA a převedena na cDNA. Molekuly cDNA byly amplifikovány pomocí PCR a sekvenovány. Data ze sekvenace byla bioinformaticky zpracována za účelem srovnání exprese genů a metabolických drah. Pozorovali jsme změny transkriptomu způsobené přítomností jednotlivých sacharidů v kultivačním médiu. U vzorků kultivovaných na fruktóze a glukóze došlo v rámci procesu CCR k represi genů lac operonu kódujících tagatózovou dráhu pro metabolismus galaktózy. Naopak, u vzorků kultivovaných na galaktóze a laktóze byly tyto geny aktivovány, což je ve shodě s dříve provedenými experimenty. Výsle