Analýza konformací cyklů ve strukturách biomakromolekul - Bednář, Vít; Svobodová Vařeková, Radka, 1977-; Masarykova univerzita. Ústav biochemie (2018)
Struktury biomakromolekul jsou velmi zajímavým a užitečným typem vědeckých dat a díky jejich analýze bylo získáno a publikováno mnoho důležitých vědeckých informací. Proto je důležité kontrolovat kvalitu těchto dat. Výzkumí pracovníci se již dvě desetiletí zabývají validací strukturních dat, ale některé strukturní aspekty nejsou dosud testovány - například konformace cyklů. V rámci své bakalářské práce jsem se proto zaměřil na analýzu konformačního chování cyklohexanových a pyranových cyklů v rámci vybraných ligandů z Protein Data Bank. Nejdříve jsem připravil workflow pro automatickou detekci a validaci studovaných konformerů. Dále jsem vygeneroval dvě rozsáhlé datové sady, obsahující vzorky struktur cyklohexanů a pyranů z Protein Data Bank. Konkrétně, cyklohexanová sada obsahovala 3 360 cyklů z 436 ligandů a pyranová sada pak 101 235 cyklů pro 1 588 ligandů. Poté jsem využil připravené workflow a analyzoval jsem konformace všech cyklů z těchto datových sad. V případě cyklohexanů jsem
Biomacromolecular structural data is a very interesting and useful scientific resource and a lot of important research results were obtained based on this data. Therefore, it is very important to validate a quality of the data. Researchers have been focused on validation of the structures more than two decades, but some quality issues are still not covered, for example validation of conformations. For these reasons, my bachelor thesis was focused on validation of conformational behavior of cyclohexane and pyrane rings. First, I prepared a workflow for automated detection and validation of these conformers. Than, I generated two large data sets containing samples of cyclohexane and pyrane rings from Protein Data Bank. Specifically, the data sets contain 3,360 cyclohexane rings from 436 ligands and 101,235 pyrane rings from 1,588 ligands. Afterwards, I used the workflow and analyzed conformations of all the rings in the data sets. In the case of cyclohexane, about 75 % of analyzed rings
Vedoucí práce: Radka Svobodová Vařeková
Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2018
Keywords: cyklohexeny; konformace; ligandy; pyrany; RMSD; conformations; ligands; RMSD; Cyclohexanes; Pyrans; bakalářské práce; bachelor's theses