Computational methods for detection and characterization of protein channels /
Dobrá dostupnost struktur proteinů s vysokým rozlišením umožnila studovat biologické a biochemické procesy v buňce na atomární úrovni. Tyto procesy se odehrávají na interakčním rozhraní mezi proteinem a vnějším prostředím v takzvaných prázdných místech. Jedním z typů těchto prázdných míst jsou kanál...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2018
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/brknj/ |
| LEADER | 06277ctm a22010217i 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01006416784 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20181107110820.0 | ||
| 008 | 180508s2018 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2018-12-17 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)232762 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 |e rda | ||
| 072 | 7 | |a 577 |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika |2 Konspekt |9 2 | |
| 080 | |a 577.112 |2 MRF | ||
| 080 | |a 577.151.3 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Pravda, Lukáš |7 mub20231180540 |% UČO 256262 |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Výpočetní metody pro vyhledávání a charakterizaci tunelů v proteinech |y cze |
| 245 | 1 | 0 | |a Computational methods for detection and characterization of protein channels / |c Lukáš Pravda |
| 264 | 0 | |c 2018 | |
| 300 | |a 129 stran | ||
| 336 | |a text |b txt |2 rdacontent | ||
| 337 | |a bez média |b n |2 rdamedia | ||
| 338 | |a svazek |b nc |2 rdacarrier | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Jaroslav Koča | ||
| 502 | |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2018 | ||
| 520 | 2 | |a Dobrá dostupnost struktur proteinů s vysokým rozlišením umožnila studovat biologické a biochemické procesy v buňce na atomární úrovni. Tyto procesy se odehrávají na interakčním rozhraní mezi proteinem a vnějším prostředím v takzvaných prázdných místech. Jedním z typů těchto prázdných míst jsou kanály neboli tunely. Tento typ prázdného místa umožňuje přístup z vnějšího okolí enzymů do místa katalytické reakce, dále zajišťuje transport molekul skrze buněčnou membrá\-nu, nebo například ovlivňuje i syntézu nových proteinů. I přes svou nespornou důležitost nebyly kanály, až do nedávné doby, příliš studovaným tématem. Tato dizertační práce se zabývá problematikou jejich detekce a charakterizace. Nejprve byl navržen a implementován nástroj pro jejich identifikaci -- MOLE. Posléze byl tento nástroj aplikován na široké spektrum enzymů s cílem zodpovědět otázky jako např. jak častým fenoménem kanály skutečně jsou, jaká je jejich kompozice a jaké jsou jejich vlastnosti. |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a The widespread accessibility of high-resolution protein structures allows for studying a variety of biochemical cellular processes. Such processes are carried out via interactions involving regions of empty spaces (voids) on the surface of proteins. Channels or tunnels are a special type of voids that facilitate various biochemical processes including the passage of chemical species to/from an enzyme’s active site, the passage of ions and other small ligands through biological membranes, and even play a role in protein synthesis in ribosomes by enabling the nascent peptide to leave the protein synthesis site and achieve its folded state. Despite their undoubted importance, channels have not, until recently, been thoroughly studied. This Ph.D. thesis deals with the topic of channel detection and characterization. First, MOLE, a tool for the identification of channels was designed and implemented. Next, MOLE was applied for analyzing a large body of enzyme structures, in order to ... |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a proteinová struktura |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a proteinové tunely |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a protein channels |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a protein structure |2 eCZ-BrMU |
| 655 | 7 | |a disertace |7 fd132024 |2 czenas | |
| 655 | 9 | |a dissertations |2 eczenas | |
| 658 | |a Biochemie (čtyřleté) |c PřF D-BCH4 BIOM |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Koča, Jaroslav, |d 1955-2021 |7 jn20000710314 |% UČO 610 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/brknj/ |
| CAT | |c 20180508 |l MUB01 |h 0420 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20180514 |l MUB01 |h 1443 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0906 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0732 | ||
| CAT | |a VASICEK |b 02 |c 20181107 |l MUB01 |h 1108 | ||
| CAT | |c 20181217 |l MUB01 |h 1102 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1420 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1343 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1212 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1219 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1135 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0515 | ||
| CAT | |a VACOVAX |b 02 |c 20201211 |l MUB01 |h 1114 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2157 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1028 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 2015 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20210703 |l MUB01 |h 2351 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1301 | ||
| CAT | |a FUKSOVAX |b 02 |c 20210811 |l MUB01 |h 1249 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2119 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230309 |l MUB01 |h 1338 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230309 |l MUB01 |h 1339 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2353 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0026 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0036 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2018-12-17 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-K-16235 |5 3285016346 |8 20181107 |f 71 |f Prezenční SKLAD |r 20181107 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-K-16235 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||