Studies of protein-nucleic acids complexes - Krepl, Miroslav (2017)
V této doktorské práci popisuji studium několika biologicky významných protein/RNA komplexů pomocí výpočetních metod. I přes biologický význam protein/RNA interakce byla většina simulací v minulosti použita spíše pro studium izolovaných monomerů. Důvodem je to, že simulace komplexů jsou oproti izolovaným monomerům výrazně složitější. Jedním z klíčových přínosů této disertační práce je rozsáhlé testování chování silového pole pro simulace protein/RNA komplexů a vytvoření sady praktických doporučení pro práci s těmito systémy, což je informace která až dosud v literatuře zcela chyběla. Simulace jsou následně použity pro studium několika biologicky významných protein/RNA komplexů - Fox-1, SRSF1, CUG-BP2 a HIV-1 reverzní transkriptázy. V těchto projektech jsem ukázal, že simulační metody jsou ideální pro interpretaci biomolekulárních struktur a mohou nám poskytnout i zcela nová strukturní data jako jsou informace o hydrataci, molekulových interakcích nebo strukturním průměrování.