Structure and dynamics of subunits determining specificity of bacterial RNA polymerase - Zachrdla, Milan (2017)
RNA polymeráza (RNAP) je klíčový enzym při syntéze RNA, která katalyzuje transkripci. Pro efektivní funkci je RNAP a její specificita regulována interakcemi s dalšími podjednotkami. V této práci jsme se zaměřili na podjednotky určující specificitu RNAP z Gram-positivní bakterie Bacillus subtilis. Delta podjednotka RNAP je unikátní protein vyskytující se pouze u Gram-pozitivních bakterií a je příkladem částečně nestrukturovaného proteinu, jehož strukturovaná N-koncová doména je spojena s nestrukturovanou vysoce negativně nabitou C-koncovou doménou. Metoda NMR nám umožnila studovat nestrukturovanou C-koncovou doménu s atomovým rozlišením. Hlavním cílem této práce bylo určit strukturu N-koncové domény (sigma1.1) transkripčního faktoru sigmaA a popsat dynamiku této domény. Sigma1.1 reguluje vazbu DNA transkripčním faktorem sigmaA, což je nezbytný krok pro iniciaci transkripce. Vyřešená struktura má stejnou terciární strukturu jako struktura sigma1.1 z Gram-negativní bakterie Escherichia ...