Sekvenční analýza genomů Treponema pallidum subsp. pallidum izolovaných z klinického materiálu - Grillová, Linda (2017)
Úvod. Syfilis je onemocnění, které způsobuje bakterie Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA), a které může vést k celkové systémové infekci lidského těla. Prevalence syfilis v posledních desítkách let stoupá, a to i přes existenci efektivní léčby, a celosvětová incidence dosahuje až 10 milionů případů ročně. TPA není možno studovat pomocí klasických mikrobiologických přístupů, protože tato bakterie není kultivovatelná in vitro. Avšak revoluční techniky označované jako „culture-independent enrichment techniques“ otevírají novou kapitolu ve výzkumu treponem, neboť umožnují analyzovat genetickou informaci TPA bakterií izolovaných přímo z pacientů, a to bez nutnosti multiplikace těchto bakterií v experimentálních zvířatech. Metody. V rámci studie bylo na klinické vzorky aplikováno několik „culture-independent enrichment” technik, zahrnující “Anti-Treponemal Antibody Enrichment Sequencing” (ATAES), mechanickou mikromanipulaci, selektivní lyzi buněk, hybridizaci na oligonukleotidových DNA čipech.