Analýza proteinových komplexů s využitím SEC-MS - Lapčík, Petr; Bouchal, Pavel, 1975-; Masarykova univerzita. Ústav biochemie (2017)
Tato diplomová práce je zaměřena na dráhu NF-κB, která byla v předchozích experimentech identifikována jako potenciální prometastatický faktor u nádorů prsu subtypu luminální A. V teoretické části je popsána dráha NF-κB a zapojené transkripční faktory, které tvoří proteinové komplexy. Podstatná část teorie je pak věnována protein-proteinovým interakcím, jejich významu a metodám jejich studia; je zde představena nová metoda SEC-PCP-SILAC pro mapování protein-proteinových interakcí, která využívá izotopového značení proteinů SILAC a separace proteinových komplexů pomocí gelové permeační chromatografie s následnou LC-MS/MS identifikací. Experimentální část se zabývá studiem změn v proteomu nádorových buněk MCF7 po inhibici NF-κB dráhy inhibitory BAY-11-7082, denosumab, parthenolid a plazmidem pCMV4-IκBα∆N. Analýza změn v proteomu ukázala, že inhibice pCMV4-IκBα∆N způsobila nejvíce změn a patrně se jedná i o nejcílenější inhibici NF-κB dráhy. Za zvolených podmínek byl největší překryv nale
This thesis is focused on NF-κB pathway which was identified as a potential pro-metastatic factor in luminal A breast cancer in previous studies. Theoretical part of this thesis summarizes current information on NF-κB pathway and involved transcription factors that form protein complexes. Another part of the theory is devoted to protein-protein interactions, their significance and methods of studying; a new SEC-PCP-SILAC method is introduced for protein-protein interaction mapping in NF-κB pathway, based on stable isotope labelling of amino acids in cell culture (SILAC), separation of protein complexes by size exclusion chromatography, and by LC-MS/MS protein identification. Experimental part focus on studying the changes in MCF7 tumor cells proteome after NF-κB pathway inhibition by BAY-11-7082, denosumab and parthenolide inhibitors and by the pCMV4-IκBαΔN plasmid transfection. Analysis of proteome changes showed that pCMV4-IκBαΔN inhibition led to the majority of observed changes, pr
Vedoucí práce: Pavel Bouchal
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2017
Keywords: hmotnostní spektrometrie; interakce protein-protein; karcinom prsu; proteomika; breast carcinoma; mass spectroscopy; protein-protein interaction; proteomics; diplomové práce; master's theses