Molecular Modelling of Structure-Function Relationships in Enzymes - Bednář, David, 1986- (2017)
Disertační práce se zabývá studiem strukturních a funkčních závislostí v proteinech metodami molekulového modelování. V úvodních kapitolách je popsán teoretický zaklad stability proteinů. Stabilita je jednou z nejdůležitějších vlastností proteinů a odvíjí se od ní možnosti použití proteinů jak v základním výzkumu, tak i v průmyslu. Stabilitu dělíme na termodynamickou (rozdíl v energiích mezi sbaleným a rozvolněným stavem) a kinetickou (rozdělení stavů vysokou aktivační energií). Dále jsou diskutovány možnosti stabilizace proteinů od čistě experimentálních metod založených na řízené a saturační mutagenezi, přes identifikaci „hot-spotů“ až po sofistikované algoritmy kombinující výpočty volných energii a evoluční závislosti. Následující dvě kapitoly úvodu se zabývají metodami molekulového modelování a modelovými proteiny použitými ve výsledkové části. V této části je představena molekulová dynamika jako jedna ze základních metod s širokým uplatněním při popisu stability, aktivity, hydrata