Detection and Visualization of Protein Surface Features - Jurčík, Adam (2017)
Biochemický výzkum se zaměřuje na studium chemických procesů v živých organizmech. V těchto procesech často hrají klíčovou roli proteiny. Ty plní důležité funkce, jako např. ovládání procesů v buňkách. Z těchto důvodů má studium proteinů a jejich reaktivity rozhodující význam pro pochopení biologických procesů. Reaktivita proteinů je úzce spjata s přítomností dutin v jejich molekulách, dutiny mohou vytvářet přístupové/únikové cesty pro jiné malé molekuly, a vlastnostmi molekulárního povrchu, který může sloužit jako vazebné místo pro navázání této malé molekuly. Ve vazebném místě může docházet k chemické reakci a výsledek takové reakce může sloužit např. jako základ pro nové léčivo. Cílem této práce je řešení některých současných problémů v oblasti detekce a průzkumu dutin v proteinech. Mezi tyto problémy patří: nedostatečná přesnost reprezentace některých dutin, chybějící podrobné informace o dutinách a netriviální časové nároky výpočtů. Tato práce představuje alternativní řešení pro