Metody přístupu hledání targetové RNA proteinu ZCCHC9 - Píš, Tomáš (2017)
Lidský protein ZCCHC9 je považován za jeden z faktorů zapojených do zpracování molekul RNA v buňce. Protein obsahuje motivy zinkových kloubů, které u podobných proteinu poskytují schopnost interagovat s nukleovými kyselinami a proteiny. Nicméně, způsob zapojení proteinu ZCCHC9 do těchto drah není znám, a proto je nutná jeho další charakterizace. Hlavním úkolem této diplomové práce byla identifikace jak proteinových, tak i RNA vazebných partnerů proteinu ZCCHC9, přičemž se jednalo převážně o molekuly zapojené do biogenese ribosomálních RNA (rRNA). Tato práce zahrnuje různé metody zkoumání interakcí mezi proteiny a RNA, přičemž jako potencionální substrátová RNA byla pro protein ZCCHC9 vytipována část ITS1 sekvence z 21S rRNA na základě dat publikovaných jiným pracovištěm. Experimentálními postupy se nám však zatím nepodařilo prokázat tuto interakci in vitro. Nicméně v práci se podařilo prokázat, že protein ZCCHC9 interaguje se dvěma proteiny z rodiny DEAD box helikáz, proteiny DDX5 a DD