Úloha posttranskripčních modifikací na procesování pre-mRNA - Gregorová, Pavlína; Vaňáčová, Štěpánka, 1972-; Masarykova univerzita. Ústav biochemie (2017)
Posttranskripční úpravy RNA jsou velmi častou a důležitou součástí RNA metabolismu ve všech živých buňkách. N6-methyladenosin (m6A), je nejčastěji se vyskytující známá vnitřní modifikace mRNA přítomná u všech eukaryot, včetně savců, hmyzu, rostlin a kvasinek. Unikátním znakem m6A metylace je, že může být reverzibilně odstraněna. Jednou z identifikovaných m6A demetyláz, která se podílí na regulaci procesů v buňkách zprostředkovaných m6A je Fat mass and obesity-associated protein (FTO). Nicméně, dynamický charakter a komplexnost m6A modifikace má významný dopad a velké množství procesů regulovaných m6A zůstává necharakterizovaných. První část této práce představuje experimentální potvrzení jaderné role FTO proteinu navržené na základě výsledků CLIP-Seq analýzy získaných dříve v naší laboratoři. Použitím RNA-imunoprecipitace spojené s PCR (RIP-PCR) byla ověřena interakce mezi FTO a skupinou pre-mRNA in vivo. Druhá část této práce je zaměřena na využití a optimalizaci metody BioID, která v
Posttranscriptional RNA modifications are highly abundant and important part of RNA metabolism of all living cells. N6-methyladenosine (m6A), is the most prevalent known mRNA internal modification occurring in all eukaryotes, including mammals, flies, plants, and yeast. An unique feature of the m6A methylation is that it can be reversibly removed. One of the m6A demethylases, which participates in the regulation of m6A-mediated processes in the cells is the Fat mass and obesity associated protein (FTO). However, the dynamic character and complexity of m6A modification has got a brought impact and a large number of m6A-regulated processes still remain uncharacterized. The first part of this work presents experimental confirmation of the nuclear role of FTO protein proposed by CLIP-Seq results obtained earlier in our laboratory. Using RNA-immunoprecipitation coupled with PCR (RIP-PCR), the in vivo interaction between FTO and subset of pre-mRNAs was validated. The second part of this thes
Vedoucí práce: Štěpánka Vaňáčová
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2017
Keywords: biotinylace; interakce protein-protein; mikro RNA; mitochondrie; RNA imunoprecipitace; RNA (nukleové kyseliny); mitochondrias; protein-protein interaction; ribonucleic acids; RNA immunoprecipitation; Biotinylation; MicroRNAs; diplomové práce; master's theses