Roles of posttranscriptional modifications in RNA processing - Bartošovič, Marek; Vaňáčová, Štěpánka, 1972-; Masarykova univerzita. Národní centrum pro výzkum biomolekul (2016)
Posttranskripční úpravy RNA jsou důležitou součástí metabolismu všech živých buněk. V průběhu exprese mRNA nebo zrání ncRNA dochází k velkému množství úprav RNA, což zajištuje produkci funkčních molekul v správném množství a ve správný čas. Mezi nejdůležitější modifikace RNA v eukaryotech patří interní modifikace bázi nukleotidů a modifikace na 3` konci. První část této práce je zaměřena na modifikaci adenosinu na N6-metyladenosin (m6A), která reguluje hned několik metabolických procesů souvisejících s RNA, jako jsou sestřih RNA, export z jádra, translace a degradace RNA. S využitím moderních metod jakými jsou sekvenováni druhé generace, nebo CRISPR-Cas9 jsme byli schopni charakterizovat funkci FTO, demetylázy m6A, v posttransckripčních úpravách mRNA. Ukázali jsme, že FTO se váže na pre-mRNA a že demetylace zprostředkovaná proteinem FTO přednostně způsobuje začleňování alternativních exonů do maturované mRNA. Naše závěry jsou postavené na analýze CLIP-Seq dat na proteinu FTO, RNA-seq ...
Posttranscriptional modifications of RNA are an important part of RNA metabolism in all living cells. Multiple RNA processing and modification steps ensure that a proper level of functional mRNA or ncRNA is produced in the right place and at the correct time. The most important RNA modifications in eukaryotes are nucleotide base modifications and 3′ end tailing. The first part of this work is focused on, a recently described, internal modification of adenosine to N6-methyladenosine involved in regulation of multiple RNA metabolic processes such as splicing, nuclear export, translation or RNA decay. By using contemporary and high-throughput methods such as CLIP and CRISPR-Cas9 gene knockout, we were able to characterize the function of the m6A demethylase FTO in mRNA processing. We found that FTO preferentially binds to the pre-mRNA and that the FTO-mediated RNA demethylation triggers alternative exon inclusion. This is supported by our CLIP and RNAseq data as well as by the rescue of ...
Vedoucí práce: Štěpánka Vaňáčová
Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2016
Keywords: disertace; dissertations; Polyadenylation; RNA Processing, Post-Transcriptional; polyadenylace; posttranskripční úpravy RNA