Roles of posttranscriptional modifications in RNA processing - Bartošovič, Marek (2016)
Posttranskripční úpravy RNA jsou důležitou součástí metabolismu všech živých buněk. V průběhu exprese mRNA nebo zrání ncRNA dochází k velkému množství úprav RNA, což zajištuje produkci funkčních molekul v správném množství a ve správný čas. Mezi nejdůležitější modifikace RNA v eukaryotech patří interní modifikace bázi nukleotidů a modifikace na 3` konci. První část této práce je zaměřena na modifikaci adenosinu na N6-metyladenosin (m6A), která reguluje hned několik metabolických procesů souvisejících s RNA, jako jsou sestřih RNA, export z jádra, translace a degradace RNA. S využitím moderních metod jakými jsou sekvenováni druhé generace, nebo CRISPR-Cas9 jsme byli schopni charakterizovat funkci FTO, demetylázy m6A, v posttransckripčních úpravách mRNA. Ukázali jsme, že FTO se váže na pre-mRNA a že demetylace zprostředkovaná proteinem FTO přednostně způsobuje začleňování alternativních exonů do maturované mRNA. Naše závěry jsou postavené na analýze CLIP-Seq dat na proteinu FTO, RNA-seq ...