Charakterizace proteinových acetylací - Kuchaříková, Hana (2016)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která hraje roli nejen při regulaci genové exprese. Za aktuální acetylační stav proteinů jsou zodpovědné lyzin acetyltransferázy (KAT) a lyzin deacetylázy (KDAC). Nesprávná regulace acetylací souvisí s řadou onemocnění, například vyšší exprese KDAC spojená s hypoacetylací proteinů je typická pro rakovinné buňky. Silným nástrojem studia acetyloproteomu je hmotnostní spektrometrie (MS), která umožňuje jak identifikaci, tak kvantifikaci acetylovaných peptidů. Pro MS analýzu nízkoabundantních acetylovaných proteinů, respektive peptidů, je důležitá metoda obohacení těchto analytů. Tato práce je zaměřená na vývoj a optimalizaci afinitního obohacení acetylovaných peptidů s využitím protilátky. V průběhu optimalizace imunoprecipitačního protokolu se podařilo nejen navýšit celkový počet identifikovaných acetylovaných peptidů, ale i upravit dílčí kroky metodiky tak, aby byl celkový postup afinitního obohacení acetylovaných peptidů vzorku kompatibi