Analýza kvality a konformační závislosti atomových nábojů - Petrusek, Lukáš (2016)
Parciální atomové náboje popisují elektronovou hustotu v rámci molekuly. Jedna z metod, která dokáže hodnoty nábojů vypočítat za zlomek času je metoda EEM (Electronegativity Equalization Method), která potřebuje ke svému výpočtu parametry. V této práci tak byla provedena rešerše dostupných parametrů pro EEM její modifikace. Bylo vybráno 14 článků, které obsahovaly dohromady 29 parametrů. Parametry byly uloženy do souborů s přesně danou strukturou a následně byly všechny parametry podrobeny analýze na sadě molekul Approved Drugs stažených z databáze DrugBank. Ze všech analyzovaných parametrů mělo dostatečnou korelaci 80% z nich. Nejlepší z nich byly parametrizovány na nábojích AIM. Parametry byly také testovány na devíti peptidech stažených z databáze PDB. Z analýzy korelace nábojů bylo vypozorováno, že tyto parametry nejsou vhodné k počítání nábojů na molekulách tohoto typu. Dále práce zkoumá citlivost QM a EEM metody na konformační změny. Z hlediska parametrů EEM bylo zjištěno, že ...