Structural analysis of 14-3-3 proteins by utilizing molecular dynamics simulations - Zigová, Hana (2016)
14-3-3 proteiny interagují se stovky regulačních proteinů v eukaryotických organismech, čímž se podílejí na důležitých procesech zahrnujících kontrolu buněčného cyklu a signálních drah. Funkce 14-3-3 proteinů je spojená s jejich oligomerní strukturou, kterou je in vivo dominantně homo- nebo hetero- dimerní forma. Zajímavé změny ve vazbných vlastnostech byly pozorovány u mutantních 14-3-3ζ proteinů, které se vyskytují převážně v monomerní formě. Cílem této práce je studium struktury těchto monomerních forem, stejně jako dynamických procesů vedoucích k disociaci dimerů. K tomuto účelu jsou použité metody molekulového modelování včetně molekulové dynamiky, metod s vylepšeným vzorkováním a výpočtů volných energií. Volné energie definující dimer-monomerní rovnováhu jsou určené pomocí Hamiltonovské molekulové dynamiky s výměnou replik (H-REMD) a metody Potenciálu střední síly (PMF). Výsledky simulací ukazují, že volná energie dimerní formy je nižší u přirozené formy 14-3-3ζ než u mutantních ...