Structural analysis of 14-3-3 proteins by utilizing molecular dynamics simulations /
14-3-3 proteiny interagují se stovky regulačních proteinů v eukaryotických organismech, čímž se podílejí na důležitých procesech zahrnujících kontrolu buněčného cyklu a signálních drah. Funkce 14-3-3 proteinů je spojená s jejich oligomerní strukturou, kterou je in vivo dominantně homo- nebo hetero-...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/393708/prif_m/ |
| LEADER | 05756ctm a22008897i 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01006369757 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20160901130712.0 | ||
| 008 | 160623s2016 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2016-10-09 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)268635 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 |e rda | ||
| 072 | 7 | |a 577 |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika |2 Konspekt |9 2 | |
| 080 | |a 577.112 |2 MRF | ||
| 080 | |a 544.112:531.3 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Zigová, Hana |% UČO 393708 |* [absolvent PřírF MU] |4 dis | |
| 245 | 1 | 0 | |a Structural analysis of 14-3-3 proteins by utilizing molecular dynamics simulations / |c Hana Zigová |
| 246 | 1 | 1 | |a Strukturní analýza proteinů 14-3-3 s využitím molekulové dynamiky |
| 264 | 0 | |c 2016 | |
| 300 | |a 67 listů, 23 listů příloh | ||
| 336 | |a text |b txt |2 rdacontent | ||
| 337 | |a bez média |b n |2 rdamedia | ||
| 338 | |a svazek |b nc |2 rdacarrier | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Jozef Hritz | ||
| 502 | |a Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2016 | ||
| 520 | 2 | |a 14-3-3 proteiny interagují se stovky regulačních proteinů v eukaryotických organismech, čímž se podílejí na důležitých procesech zahrnujících kontrolu buněčného cyklu a signálních drah. Funkce 14-3-3 proteinů je spojená s jejich oligomerní strukturou, kterou je in vivo dominantně homo- nebo hetero- dimerní forma. Zajímavé změny ve vazbných vlastnostech byly pozorovány u mutantních 14-3-3ζ proteinů, které se vyskytují převážně v monomerní formě. Cílem této práce je studium struktury těchto monomerních forem, stejně jako dynamických procesů vedoucích k disociaci dimerů. K tomuto účelu jsou použité metody molekulového modelování včetně molekulové dynamiky, metod s vylepšeným vzorkováním a výpočtů volných energií. Volné energie definující dimer-monomerní rovnováhu jsou určené pomocí Hamiltonovské molekulové dynamiky s výměnou replik (H-REMD) a metody Potenciálu střední síly (PMF). Výsledky simulací ukazují, že volná energie dimerní formy je nižší u přirozené formy 14-3-3ζ než u mutantních ... |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a 14-3-3 proteins regulate number of essential functions in eukaryotic organisms through binding to hundreds of proteins involved in cell cycle control and signalling pathways. The 14-3-3 functionality is influenced by the oligomeric state of the protein, which is dominantly homo- or hetero- dimer in vivo. Interesting shifts in the biological function were observed in certain dimer-deficient 14-3-3ζ variants. Structural properties of these monomeric variants, as well as dynamic processes leading to dimer dissociation of the 14-3-3ζ isoform is the main focus of this thesis. For this purpose, an array of computer simulations are applied including conventional molecular dynamics, enhanced sampling molecular dynamics and free-energy calculations. Free-energy differences between the bound and unbound state, which define the dimer-monomer equilibrium, are approached combining Hamiltonian replica exchange molecular dynamics and potential-of-mean-force calculations. The free-energies from ... |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a molekulární dynamika |7 ph202577 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a proteiny 14-3-3 |2 czmesh |
| 650 | 0 | 9 | |a molecular dynamics |2 eczenas |
| 650 | 0 | 2 | |a 14-3-3 Proteins |
| 655 | 7 | |a diplomové práce |7 fd132022 |2 czenas | |
| 655 | 9 | |a master's theses |2 eczenas | |
| 658 | |a Biochemie |b Biomolekulární chemie |c PřF N-BCH BIOM (BIOM) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Hritz, Jozef, |d 1977- |7 mub2017972300 |% UČO 107254 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Ústav biochemie |7 ko2015866760 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/393708/prif_m/ |
| CAT | |c 20160623 |l MUB01 |h 0421 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20160726 |l MUB01 |h 1728 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20160727 |l MUB01 |h 1234 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20160728 |l MUB01 |h 0951 | ||
| CAT | |a VASICEK |b 02 |c 20160803 |l MUB01 |h 1504 | ||
| CAT | |a VASICEK |b 02 |c 20160901 |l MUB01 |h 1307 | ||
| CAT | |c 20161009 |l MUB01 |h 2232 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20171121 |l MUB01 |h 1359 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20180801 |l MUB01 |h 1754 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181107 |l MUB01 |h 1609 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181107 |l MUB01 |h 1615 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181107 |l MUB01 |h 1623 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1816 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 2021 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 2034 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 2143 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190126 |l MUB01 |h 0148 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190126 |l MUB01 |h 0152 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190126 |l MUB01 |h 0209 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190307 |l MUB01 |h 0735 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190307 |l MUB01 |h 0740 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190307 |l MUB01 |h 0742 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190307 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190307 |l MUB01 |h 0749 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190521 |l MUB01 |h 1139 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190521 |l MUB01 |h 1143 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190521 |l MUB01 |h 1156 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190521 |l MUB01 |h 1437 | ||
| CAT | |c 20200306 |l MUB01 |h 1848 | ||
| CAT | |c 20210121 |l MUB01 |h 1011 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210216 |l MUB01 |h 1531 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1019 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 2006 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1247 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20211122 |l MUB01 |h 1405 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230921 |l MUB01 |h 0025 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2016-10-09 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-K-13505 |5 3285011481 |8 20160901 |f 71 |f Prezenční SKLAD |r 20160901 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-K-13505 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||