Anomální struktury DNA v lidském genomu - Kašparová, Helena, 1986-; Vorlíčková, Michaela, 1945-; Masarykova univerzita. Ústav biochemie (2016)
Lidská DNA je vystavena atakům endogenních a exogenních agens, které ji mohou poškozovat a to po celé její délce. Pokud nedojde k včasné opravě vzniklých lézí, může dojít k zastavení důležitých buněčných procesů, které mohou vést až ke smrti buňky nebo k jejímu nádorovému zvrhnutí. V disertační práci jsem se věnovala vlivu nejčastěji vyskytujících se lézí, a to na lidské telomerní sekvenci AG3(TTAGGG)3, která je schopna tvořit kvadruplex. Za použití CD spektroskopie, UV absorpční spektroskopie a nativní PAGE jsem zjišťovala vliv abazického místa či 8-oxoadeninu na místo adeninu, respektive 5-hydoxymetyluracilu v pozici tyminu na tvorbu a stabilitu kvaduplexu. Všechny studované modifikace se nacházely ve spojujících sekvencích guaninových bloků, tedy v loopech telomerního kvadruplexu. Absence adeninu v loopech vyvolává změnu topologie kvadruplexu. Přítomnost 8-oxoadeninu působí mírné zvýšení stability kvadruplexu a 5-hydroxymetyluracil výrazně neovlivňuje tuto strukturu. Určit dopad těc
Human DNA is continuously attacked by endogenous and exogenous agents, which can damage it anywhere along its entire length. If the lesion is not repaired in time, important cellular processes might be stopped. This can lead to cell death or carcinogenesis. In this work, I focused on diverse effects of naturally occurring base lesions on human telomere sequence AG3(TTAGGG)3, which is capable to form guanine quadruplex. Using CD spectroscopy, UV absorption spectroscopy and polyacrylamide gel electrophoresis I studied the influence of abasic site or 8-oxoadenine replacing adenine and 5-hydroxymethyluracil replacing thymine on formation and stability of the quadruplex. All modifications studied were positioned in the loops connecting G3 blocks, of the telomere quadruplex. Loss of adenine in the loops induced change in quadruplex topology. Presence of 8-oxoadenine slightly increased quadruplex stability and 5-hydroxymethyluracil had no significant effect on the quadruplex structure. Deter
Vedoucí práce: Michaela Vorlíčková
Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2016
Keywords: G-kvadruplexy; LTR retrotranspozony; spektroskopie; struktura DNA; DNA structure; LTR retrotransposons; spectroscopy; G-Quadruplexes; disertace; dissertations