Příprava proteinových vzorků a jejich charakterizace hmotnostní spektrometrií - Stejskal, Karel; Zdráhal, Zbyněk, 1965-; Masarykova univerzita. Ústav experimentální biologie (2015)
Abstrakt I přes obrovský rozmach v hmotnostně spektrometrické instrumentaci v posledních letech, příprava vzorku stále zůstává klíčovým krokem v celém proteomickém experimentu. První část předkládané práce byla zaměřena na studium ztrát peptidového vzorku při jeho skladování v autosamplerové vialce před vlastní analýzou pomocí systému LC-MS/MS. Byl testován vliv šesti různých roztoků a sedmi typů komerčně dostupných autosamplerových vialek z rozdílných materiálů. Nejnižších ztrát bylo dosaženo při použití roztoku 0,001% polyetylenglykolu 20000 v 0,1% kyseliny mravenčí pro nastříknutí peptidového vzorku. Přidání roztoku PEG do autosamplerové vialky s peptidovým vzorkem potlačilo kvalitativní i kvantitativní ztráty především hydrofobních peptidů zejména po dvoudenním skladování vzorku ve vialce. Druhá část práce byla zaměřena na identifikaci post-translačních modifikací proteinu MAGEA1 a jeho interakčního partnera TRIM31. V práci byl využit navržený roztok pro potlačení sorpčních ztrát ...
Abstract Sample preparation is still a crucial step in proteomics experiment despite huge improvements in mass spectrometry instrumentation during recent years. The first part of my thesis was focused on a study of peptide sample losses during sample storage in autosampler vials before sample injection into LC-MS/MS system. Six sample injection solutions and seven commercial available autosampler vials from different material were tested. Solution of 0.001% polyethylen glycol 20000 in 0.1% formic acid provided the lowest losses. An addition of PEG solution into an autosampler vial with peptide sample suppresses qualitative and quantitative losses of mainly hydrophobic peptides even after 2 days storage in the vial. The second part of my theses was focused on identification of posttranslational modifications of MAGEA1 protein and its interaction partner TRIM31 protein. The suggested solution for suppression of peptide sample losses was used. Two ubiquitination sites were found and ...
Vedoucí práce: Zbyněk Zdráhal
Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2015
Keywords: hmotnostní spektrometrie; kapalinová chromatografie; tandemová hmotnostní spektrometrie; liquid chromatography; mass spectroscopy; Tandem Mass Spectrometry; disertace; dissertations