Příprava proteinových vzorků a jejich charakterizace hmotnostní spektrometrií - Stejskal, Karel (2015)
Abstrakt I přes obrovský rozmach v hmotnostně spektrometrické instrumentaci v posledních letech, příprava vzorku stále zůstává klíčovým krokem v celém proteomickém experimentu. První část předkládané práce byla zaměřena na studium ztrát peptidového vzorku při jeho skladování v autosamplerové vialce před vlastní analýzou pomocí systému LC-MS/MS. Byl testován vliv šesti různých roztoků a sedmi typů komerčně dostupných autosamplerových vialek z rozdílných materiálů. Nejnižších ztrát bylo dosaženo při použití roztoku 0,001% polyetylenglykolu 20000 v 0,1% kyseliny mravenčí pro nastříknutí peptidového vzorku. Přidání roztoku PEG do autosamplerové vialky s peptidovým vzorkem potlačilo kvalitativní i kvantitativní ztráty především hydrofobních peptidů zejména po dvoudenním skladování vzorku ve vialce. Druhá část práce byla zaměřena na identifikaci post-translačních modifikací proteinu MAGEA1 a jeho interakčního partnera TRIM31. V práci byl využit navržený roztok pro potlačení sorpčních ztrát ...