Využití metody real-time PCR v širokospektré detekci patogenů - Němcová, Eva (2014)
Metoda PCR je stále více využívána v molekulární detekci patogenů. Jejími výhodami jsou rychlost, citlivost a možnost diagnostikovat agens i v případě jeho obtížné kultivovatelnosti nebo z klinických vzorků odebraných pod antibiotickou clonou. Aplikace real-time PCR znamená nižší riziko kontaminace a přináší možnost kvantifikovat mikrobiální nálož ve vyšetřovaném vzorku. Cílem disertační práce byla optimalizace této metody pro detekci a identifikaci hub (kandid) a širokospektrou detekci a identifikaci bakterií. Za tímto účelem byla pro detekci a identifikaci kandid vyvinuta metoda real-time PCR cílená do oblasti ITS2 s následnou analýzou tání s vysokým rozlišením (HRMA), testována byla na 25 sbírkových kmenech a 143 klinických izolátech. Při zahrnutí všech sbírkových a klinických kmenů bylo pomocí real-time PCR a HRMA odlišeno 23 z 27 druhů kandid a zbylé 4 druhy byly rozděleny do dvou skupin. Pro detekci bakterií byla vyvinuta metoda real-time PCR cílená do oblastí V3 a V4 genu 16S rR