Vliv iontové síly na zbytkovou strukturu C-terminální domény podjednotky delta RNA polymerázy bakterie Bacillus subtilis - Štégnerová, Hana (2015)
V této bakalářské práci se věnujeme vlivu iontové síly na silně záporně nabitou C-terminální doménu částečně neuspořádaného proteinu delta podjednotky RNA polymerázy v bakterii Bacillus subtilis. N-terminální část proteinu je strukturovaná, obsahuje čtyři alfa šroubovice a antiparalelní beta skládaný list. Naopak C-terminální část je nestrukturovaná (tzv. IDP - intrinsically disordered protein) a obsahuje oblasti opakujících se repetic. Repetice jsou tvořeny polárními kyselinami - glutamovou a asparagovou, jež v postranním řetězci nesou záporný náboj. Díky těmto aminokyselinám je C-terminální doména vysoce záporně nabitá a působí zde elektrostatická repulze. Kromě této elektrostatické interakce vznikají mezi záporně nabitou C-terminální doménou a oblastí pozitivně nabitých reziduí lyzinu iontové vazby, díky kterým dochází k dočasnému kontaktu. Elektrostatické interakce ovlivňují výslednou strukturu proteinu, ale jsou citlivé na koncentraci soli v prostředí. K pozorování vlivu iontové s