Theoretical study of carbonic anhydrase IX - Škultéty, Michal (2015)
Karbonická anhydráza IX (CA IX) katalyzuje hydrataci oxidu uhličitého za vzniku hydrogenuhličitanového iontu a protonu. Jedná se důležitou reakci v mnoha fyziologických procesech, ale zároveň se podílí na udržování fyziologického pH uvnitř nádorových buněk, které jsou v hypoxickém stavu. CA IX je tudíž nezbytnou součástí mechanismu, který umožňuje masivní proliferaci hypoxických nádorů. Acidifikace extracelulárního prostoru, ke které dochází, vede k zvýšenému riziku metastáz. CA IX obsahuje unikátní PG doménu, která není přítomna u ostatních izoforem karbonické anhydrázy. Skutečnost, že se jedná o CA IX unikátní doménu spolu s tím, že její třídimenzionální struktura není známa, vytváří z CA IX atraktivní cíl pro selektivní léčbu nádorových onemocnění. Chybějící 3D strukturní informace PG domény dělají z CA IX rovněž vhodný cíl molekulárně dynamických simulací. Výsledky simulací na µs škále naznačují, že PG doména je nestrukturovanou částí enzymu. Simulace rovněž odhalily důležité...