Parametrizace metody EEM pro výpočet nábojů v proteinech - Türková, Alžběta (2015)
Parciální atomové náboje jsou reálná čísla, která popisují rozložení elektronové hustoty na atomech v rámci molekuly. Nelze je přímo určit pomocí experimentálních metod, neboť atomové náboje nejsou fyzikálně pozorovatelné veličiny. Jsme tedy odkázáni na jejich výpočet pomocí metod teoretické chemie. Tyto metody se formálně dělí do dvou skupin. Kvantově mechanické ab-initio metody poskytují přesné výsledky, ale jejich plné využití v praxi je omezeno výpočetní a časovou náročností. Tento přístup lze navíc uplatnit pouze pro malé molekuly skládající se maximálně z několika desítek atomů. Empirické metody jsou přijatelnou alternativou k časově náročným ab-initio metodám. Pro jejich využití je ale nutno znát empirické parametry. Tato bakalářská práce je zaměřena na parametrizaci metody EEM (Electronegativity Equalization Method) pro výpočet atomových nábojů v proteinech. Konkrétně byla v rámci práce provedena parametrizace EEM metody pro pět typů ab-initio nábojů. Tyto referenční náboje byl