Parametrizace metody EEM pro výpočet nábojů v proteinech /
Parciální atomové náboje jsou reálná čísla, která popisují rozložení elektronové hustoty na atomech v rámci molekuly. Nelze je přímo určit pomocí experimentálních metod, neboť atomové náboje nejsou fyzikálně pozorovatelné veličiny. Jsme tedy odkázáni na jejich výpočet pomocí metod teoretické chemie....
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2015
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/417858/prif_b/ |
| LEADER | 06771ctm a22011057i 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01006343326 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20150916105610.0 | ||
| 008 | 150627s2015 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2016-03-09 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)270361 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 |e rda | ||
| 072 | 7 | |a 577 |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika |2 Konspekt |9 2 | |
| 080 | |a 530.145.6 |2 MRF | ||
| 080 | |a 544.183.25 |2 MRF | ||
| 080 | |a 577.112.85 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Türková, Alžběta |% UČO 417858 |* [absolvent PřírF MU] |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Parametrization of EEM Approach for Calculation of Charges in Proteins |y eng |
| 245 | 1 | 0 | |a Parametrizace metody EEM pro výpočet nábojů v proteinech / |c Alžběta Türková |
| 264 | 0 | |c 2015 | |
| 300 | |a 60 listů : |b tabulky + |e 1 CD-ROM | ||
| 336 | |a text |b txt |2 rdacontent | ||
| 337 | |a bez média |b n |2 rdamedia | ||
| 338 | |a svazek |b nc |2 rdacarrier | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Stanislav Geidl | ||
| 502 | |a Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2015 | ||
| 520 | 2 | |a Parciální atomové náboje jsou reálná čísla, která popisují rozložení elektronové hustoty na atomech v rámci molekuly. Nelze je přímo určit pomocí experimentálních metod, neboť atomové náboje nejsou fyzikálně pozorovatelné veličiny. Jsme tedy odkázáni na jejich výpočet pomocí metod teoretické chemie. Tyto metody se formálně dělí do dvou skupin. Kvantově mechanické ab-initio metody poskytují přesné výsledky, ale jejich plné využití v praxi je omezeno výpočetní a časovou náročností. Tento přístup lze navíc uplatnit pouze pro malé molekuly skládající se maximálně z několika desítek atomů. Empirické metody jsou přijatelnou alternativou k časově náročným ab-initio metodám. Pro jejich využití je ale nutno znát empirické parametry. Tato bakalářská práce je zaměřena na parametrizaci metody EEM (Electronegativity Equalization Method) pro výpočet atomových nábojů v proteinech. Konkrétně byla v rámci práce provedena parametrizace EEM metody pro pět typů ab-initio nábojů. Tyto referenční náboje byl |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a Partial atomic charges are real numbers that describe distribution of electronic density in the atoms within a molecule. They cannot be directly measured via experimental methods, because atomic charges are not physically observable quantities. Therefore, we have to rely on their calculation using methods of theoretical chemistry. These methods are formally divided into two branches. Quantum mechanical ab-initio methods provide exact results, but their full applicability is limited by both computational and time demands. Furthermore, this approach can be applied only for small molecules counting a maximum of tens of atoms. Empirical methods are acceptable alternative to the time consuming ab-initio methods. However, it is necessary to know empirical parameters. This bachelor thesis is focused on parametrization of EEM approach for calculation of atomic charges in proteins. Specifically, parametrization of EEM approach for five types of ab-initio charges was performed. These reference |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a EEM |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a kvantová mechanika |7 ph115047 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a metaloproteiny |7 ph122770 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a metody ab initio (chemie) |7 ph602130 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a parciální atomové náboje |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a ab initio methods (chemistry) |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a metalloproteins |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a partial atomic charges |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a quantum mechanics |2 eczenas |
| 655 | 7 | |a bakalářské práce |7 fd132403 |2 czenas | |
| 655 | 9 | |a bachelor's theses |2 eczenas | |
| 658 | |a Biochemie |b Chemoinformatika a bioinformatika |c PřF B-BCH CHI (CHI) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Geidl, Stanislav, |d 1988- |7 mub2017960907 |% UČO 327887 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/417858/prif_b/ |
| CAT | |c 20150627 |l MUB01 |h 0422 | ||
| CAT | |c 20150901 |l MUB01 |h 1453 | ||
| CAT | |a FOLTYNOVA |b 02 |c 20150916 |l MUB01 |h 1056 | ||
| CAT | |c 20150921 |l MUB01 |h 1415 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20151203 |l MUB01 |h 1045 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20151226 |l MUB01 |h 0548 | ||
| CAT | |c 20160303 |l MUB01 |h 1235 | ||
| CAT | |c 20160308 |l MUB01 |h 1506 | ||
| CAT | |c 20160309 |l MUB01 |h 1108 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20170810 |l MUB01 |h 1052 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20170810 |l MUB01 |h 1107 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0732 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1420 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1343 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1211 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1218 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1134 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0515 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2157 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1015 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 2002 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1238 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2118 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2352 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0026 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0036 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2016-03-09 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-K-11038 |5 3285008282 |4 + 1 CD-ROM; Zůstává ve studovně |7 Přílohu si vyžádejte u knihovníka u výpůjčního pultu |8 20150921 |f 71 |f Prezenční SKLAD |r 20150921 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-K-11038 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||