Automatická analýza kanálů transmembránových proteinů - Olšovský, Zdenko (2015)
Cílem této bakalářské práce bylo navrhnout a implementovat softwarový nástroj pro automatickou analýzu transmembránových proteinů - Pore Finder. Ten je schopen automatické analýzy transmembránových proteinů s využitím databází OPM a PDB. Pro jeho implementaci bylo využito WebChemistry API vyvíjené na pracovišti školitele. Pore Finder automaticky detekuje póry v transmembránových proteinech, a určuje jejich fyzikálně-chemické vlastnosti (délka, poloměr, polarita, hydropatie, atp.). Výsledky jsou dostupné jako skripty pro vizualizaci v programu PyMOL a XML pro další zpracování. Analýza téměř tisíce molekul ukázala, že napočítané výsledky z vybraných skupin transmembránových proteinů z valné většiny korelují s daty získanými experimentálně. Pore Finder by tedy mohl být využit na automatickou analýzu transmembránových proteinů.